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- PDB-3arv: Crystal Structure Analysis of Chitinase A from Vibrio harveyi wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3arv
タイトルCrystal Structure Analysis of Chitinase A from Vibrio harveyi with novel inhibitors - complex structure with Sanguinarine
要素Chitinase A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TIM BARREL / INHIBITOR COMPLEX / GLYCOSIDASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / K319L-like, PKD domain / PKD domain / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain ...Chitinase A N-terminal / Chitinase A, N-terminal domain / K319L-like, PKD domain / PKD domain / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Chitinase A; domain 3 - #10 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SAU / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Prinz, H. / Suginta, W.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Potent family-18 chitinase inhibitors: x-ray structures, affinities, and binding mechanisms
著者: Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Prinz, H. / Suginta, W.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of Vibrio harveyi chitinase A complexed with chitooligosaccharides: implications for the catalytic mechanism
著者: Songsiriritthigul, C. / Pantoom, S. / Aguda, A.H. / Robinson, R.C. / Suginta, W.
履歴
登録2010年12月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7836
ポリマ－63,8421
非ポリマー9415
水15,259847
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.230, 50.820, 93.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitinase A


分子量: 63841.770 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 株: LMG7890 / 遺伝子: CHIA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q9AMP1, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-SAU / 13-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c][1,3]dioxolo[4,5-i]phenanthridin-13-ium / Sanguinarine / サンギナリン


分子量: 332.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14NO4 / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SAU A 607 IS WEAK BINDING SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 16%(W/V) PEG 4000, 21%(v/v) propanol, 0.1M Na-Acetate, pH 5.6, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→39.873 Å / Num. obs: 95965 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.398 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 16.62
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.5-1.540.1750.1538.120731713767620.18494.7
1.54-1.580.1440.1319.221811694469260.15799.7
1.58-1.630.130.11710.121315676767570.1499.9
1.63-1.680.1060.10111.320682657365530.12199.7
1.68-1.730.0920.08712.520060637063530.10599.7
1.73-1.790.0780.07613.519549617361650.09199.9
1.79-1.860.0720.06814.618664594559180.08299.5
1.86-1.940.0570.0616.117985574357000.07299.3
1.94-2.020.050.05417.517289550454700.06599.4
2.02-2.120.0440.0518.716434530652450.0698.9
2.12-2.230.040.0462015501498349430.05599.2
2.23-2.370.0390.0562116038474646910.06698.8
2.37-2.530.0360.062216878446444250.06999.1
2.53-2.740.0350.06623.117840414841110.07599.1
2.74-30.0350.07124.620250384938150.07899.1
3-3.350.0330.06926.420561347934500.07699.2
3.35-3.870.0320.06226.516872308630440.06998.6
3.87-4.740.030.05425.913135261325590.06197.9
4.74-6.70.0290.05326.410481205019890.0697
6.70.0290.04823.94907116310890.05693.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3b9a

3b9a


解像度: 1.5→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1911 / WRfactor Rwork: 0.1547 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9101 / SU B: 0.978 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0621 / SU Rfree: 0.0665 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1774 4799 5 %RANDOM
Rwork0.1444 ---
obs0.146 95964 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.92 Å2 / Biso mean: 15.2226 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.09 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4405 0 68 847 5320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0224822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4371.9646624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5435640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82225.3217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.10515738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.631512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4941.52953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.50424778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39331869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1424.51817
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 338 -
Rwork0.165 6415 -
all-6753 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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