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万見
- PDB-3aq1: Open state monomer of a group II chaperonin from methanococcoides... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aq1
タイトルOpen state monomer of a group II chaperonin from methanococcoides burtonii
要素Thermosome subunit
キーワードCHAPERONE / GROUP II CHAPERONIN / PROTEIN FOLDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / Thermosome, archaeal / GroEL / GroEL / : / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. ...GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / Thermosome, archaeal / GroEL / GroEL / : / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thermosome subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcoides burtonii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.746 Å
データ登録者Harrop, S.J. / Pilak, O. / Siddiqui, K.S. / De Francisci, D. / Burg, D. / Williams, T.J. / Cavicchioli, R. / Curmi, P.M.
引用ジャーナル: ENVIRON.MICROBIOL. / 年: 2011
タイトル: Chaperonins from an Antarctic archaeon are predominantly monomeric: crystal structure of an open state monomer.
著者: Pilak, O. / Harrop, S.J. / Siddiqui, K.S. / Chong, K. / De Francisci, D. / Burg, D. / Williams, T.J. / Cavicchioli, R. / Curmi, P.M.
履歴
登録2010年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Thermosome subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9301
ポリマ－53,9301
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thermosome subunit

B: Thermosome subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8612
ポリマ－107,8612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area1670 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area37570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.564, 115.256, 193.864
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-540-

HOH

21B-545-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Thermosome subunit / GROUP II CHAPERONIN


分子量: 53930.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcoides burtonii (古細菌)
株: DSM 6242 / 遺伝子: Mbur_1960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12UN6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M AMSO4, 2.5%(v/v) dioxane, 0.1M Mes/NaOh pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月21日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→21.505 Å / Num. all: 18736 / Num. obs: 18736 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 61.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_222)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A6D

1a6d


解像度: 2.746→21.505 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 1874 10.01 %RANDOM
Rwork0.1899 ---
all0.1963 18729 --
obs0.1963 18729 98.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.286 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1376 Å2-0 Å20 Å2
2---8.1705 Å2-0 Å2
3---0.033 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.746→21.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3032 0 0 42 3074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1054124
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2251145
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7465-2.84440.31551670.2467150291
2.8444-2.9580.3061860.2249167799
2.958-3.09230.28211860.2077167399
3.0923-3.25480.30951850.2178165799
3.2548-3.45790.31581880.2043169499
3.4579-3.72370.26931880.20271692100
3.7237-4.09610.23151890.17241701100
4.0961-4.68340.21231900.14341710100
4.6834-5.88060.22621930.1551737100
5.8806-21.50560.21122020.18161812100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1323-0.95320.47693.2858-0.54611.879-0.0136-0.209-0.1529-0.239-0.06480.1280.0931-0.50040.07770.1237-0.06520.04830.4059-0.06190.160615.998443.165894.6935
22.3106-0.54990.04653.13370.67563.80480.02220.0204-0.1255-0.4288-0.2549-0.56380.24270.0413-0.00320.26220.0063-0.06740.1517-0.11730.333218.40632.192965.0476
32.8127-0.90880.62555.02690.78072.018-0.0235-0.2111-0.0178-0.17370.0335-0.408-0.1878-0.0667-0.01590.35670.0143-0.00020.1733-0.02260.344736.585912.604253.5758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(RESSEQ 1:96 OR RESSEQ 356:496) AND CHAIN B
2X-RAY DIFFRACTION2(RESSEQ 97:166 OR RESSEQ 320:355) AND CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3(RESSEQ 167:319) AND CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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