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万見
- PDB-3apg: Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3apg
タイトルCrystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / Sugar binding / Hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...: / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kado, Y. / Inoue, T. / Ishikawa, K.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
著者: Kado, Y. / Inoue, T. / Ishikawa, K.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
B: Beta-glucosidase
C: Beta-glucosidase
D: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,6859
ポリマ－219,2244
非ポリマー4605
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9830 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area64660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.962, 141.962, 343.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Beta-glucosidase


分子量: 54806.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: celB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51723
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES sodium, 0.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8M potassium phosphate monobasic, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月14日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 145450 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Net I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 90.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→49.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.556 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2226 7130 5 %RANDOM
Rwork0.1775 134722 --
obs0.1797 141852 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.82 Å2 / Biso mean: 33.832 Å2 / Biso min: 5.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15444 0 30 358 15832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02215965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.94221649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.03351880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62223.8800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.929152612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0111580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.22168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.59376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.818215056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.19836589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0434.56593
LS精密化 シェル解像度: 2.354→2.415 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 488 -
Rwork0.278 8981 -
all-9469 -
obs--89.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54190.1345-0.1730.8216-0.12860.58270.12560.07620.04620.0257-0.03840.083-0.1009-0.0797-0.08720.08450.06280.04570.07510.01650.043160.1261-16.7327-28.3795
20.4730.1744-0.12120.92080.14190.64880.0343-0.0092-0.0337-0.06410.0193-0.061-0.05830.082-0.05360.0451-0.04950.03860.0774-0.04930.043465.7214-18.182817.5617
30.42050.134-0.12080.9117-0.07730.5110.01670.1003-0.0587-0.0482-0.05490.07890.0462-0.05570.03810.0230.0008-0.01490.0779-0.06730.076754.2487-67.4438-24.7719
40.43810.1179-0.12731.23140.38670.7745-0.03070.0248-0.02160.1093-0.10490.21760.0684-0.09330.13560.0328-0.04220.07040.0747-0.08390.165533.9995-58.176215.6858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 471
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 471
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 471
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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