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- PDB-3alr: Crystal structure of Nanos -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3alr
タイトルCrystal structure of Nanos
要素Nanos protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / zinc-finger / translational repression / RNA / 3'-UTR
機能・相同性
機能・相同性情報


female germ-line stem cell population maintenance / oocyte growth / female gamete generation / germ cell migration / P granule / oogenesis / germ cell development / negative regulation of protein phosphorylation / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation ...female germ-line stem cell population maintenance / oocyte growth / female gamete generation / germ cell migration / P granule / oogenesis / germ cell development / negative regulation of protein phosphorylation / single-stranded RNA binding / negative regulation of translation / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nanos, RNA-binding domain / Nanos/Xcat2 / Zinc finger, nanos-type / Nanos domain superfamily / Nanos RNA binding domain / Zinc finger nanos-type profile. / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Hara, K. / Hishiki, A. / Kawaguchi, S. / Shichijo, N. / Nakamura, K. / Unzai, S. / Tamaru, Y. / Shimizu, T. / Sato, M.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications
著者: Hashimoto, H. / Hara, K. / Hishiki, A. / Kawaguchi, S. / Shichijo, N. / Nakamura, K. / Unzai, S. / Tamaru, Y. / Shimizu, T. / Sato, M.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanos protein
B: Nanos protein
C: Nanos protein
D: Nanos protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,29114
ポリマ－46,6374
非ポリマー65410
水1,964109
1
A: Nanos protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8554
ポリマ－11,6591
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanos protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7903
ポリマ－11,6591
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nanos protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7903
ポリマ－11,6591
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nanos protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8554
ポリマ－11,6591
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.961, 100.961, 71.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質
Nanos protein


分子量: 11659.175 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal zinc-finger domain, UNP residues 59-159 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: nanos / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QRE8
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Sodium Formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23796 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0046精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 7.542 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20787 1219 5.1 %RANDOM
Rwork0.16313 ---
obs0.16527 22538 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.091 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å21.23 Å20 Å2
2--2.46 Å20 Å2
3----3.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1986 0 10 109 2105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.9382675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.67733315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4675246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.81422.69789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.415310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0241511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 64 -
Rwork0.223 1274 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.08951.2633.08970.24170.57561.3904-0.05720.08620.2980.0278-0.05860.06180.0593-0.05630.11580.1988-0.1163-0.01870.25780.00270.16818.7816-27.651434.9922
23.71581.20630.286.36741.04714.41580.0565-0.16860.04590.3362-0.073-0.39730.26480.19590.01650.09340.0008-0.02780.02360.02070.089724.8882-22.289548.8373
35.76113.9262-1.50444.2782-0.6541.2452-0.03780.11810.18950.10060.01950.39180.119-0.28010.01830.0974-0.00820.00290.09620.020.1406-24.9727-35.094749.5817
46.22770.133-4.53653.60890.27677.0312-0.25360.052-0.22620.06990.1167-0.29020.09220.45060.13690.0197-0.0015-0.01170.12410.00920.1514-10.3478-32.60637.5476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-91 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2B88 - 152
3X-RAY DIFFRACTION3C87 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4D90 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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