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万見
- PDB-3alf: Crystal Structure of Class V Chitinase from Nicotiana tobaccum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3alf
タイトルCrystal Structure of Class V Chitinase from Nicotiana tobaccum
要素Chitinase, class V
キーワードHYDROLASE / chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #10 / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases ...Chitinase A; domain 3 - #10 / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chitinase, class V
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Numata, T. / Osawa, T. / Ohnuma, T. / Fukamizo, T.
引用ジャーナル: Plant Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and mode of action of a class V chitinase from Nicotiana tabacum
著者: Ohnuma, T. / Numata, T. / Osawa, T. / Mizuhara, M. / Varum, K.M. / Fukamizo, T.
履歴
登録2010年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase, class V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,89210
ポリマ－39,2021
非ポリマー6909
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.395, 120.292, 51.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Chitinase, class V


分子量: 39201.699 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 26-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: chi-V / プラスミド: PETBLUE-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3)pLacI / 参照: UniProt: Q43576, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris-HCl, 1.7-2.2M ammonium dihydrogen phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A10.97897
シンクロトロンPhoton Factory BL-17A20.98
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2009年11月11日
ADSC QUANTUM 2702CCD2010年2月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978971
20.981
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 120764 / Num. obs: 120764 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 49.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.259 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique all: 5824 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→39.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 1516896.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 6049 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.176 120697 98.3 %-
all-114648 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.0653 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 7.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.11 Å0.11 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 40 401 3166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.32
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 921 4.7 %
Rwork0.176 18513 -
obs--96.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3EDO-cns.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramEDO-cns.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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