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万見
- PDB-3aj2: The structure of AxCeSD octamer (C-terminal HIS-tag) from Acetoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aj2
タイトルThe structure of AxCeSD octamer (C-terminal HIS-tag) from Acetobacter xylinum
要素Cellulose synthase operon protein D
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / ALPHA AND BETA FOLD / OCTAMER / TETRAMER OF DIMERS / MOLECULE RING / CELLULOSE BIOSYNTHESIS / STRUCTURAL GENOMICS / NPPSFA / NATIONAL PROJECT ON PROTEIN STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3790 / Alpha-Beta Plaits - #2590 / Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose synthase operon protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter xylinus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hu, S.Q. / Tajima, K. / Zhou, Y. / Tanaka, I. / Yao, M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of bacterial cellulose synthase subunit D octamer with four inner passageways
著者: Hu, S.Q. / Gao, Y.G. / Tajima, K. / Sunagawa, N. / Zhou, Y. / Kawano, S. / Fujiwara, T. / Yoda, T. / Shimura, D. / Satoh, Y. / Munekata, M. / Tanaka, I. / Yao, M.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2008
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray studies of AxCesD required for efficient cellulose biosynthesis in Acetobacter xylinum
著者: Yao, M. / Hu, S.Q. / Gao, Y.G. / Tajima, K. / Yoda, T. / Shimura, D. / Satoh, Y. / Kawano, S. / Tanaka, I. / Munekata, M.
履歴
登録2010年5月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年10月6日ID: 2Z9F
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose synthase operon protein D
B: Cellulose synthase operon protein D
C: Cellulose synthase operon protein D
D: Cellulose synthase operon protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8714
ポリマ－72,8714
非ポリマー00
水4,702261
1
A: Cellulose synthase operon protein D
B: Cellulose synthase operon protein D
C: Cellulose synthase operon protein D
D: Cellulose synthase operon protein D

A: Cellulose synthase operon protein D
B: Cellulose synthase operon protein D
C: Cellulose synthase operon protein D
D: Cellulose synthase operon protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7428
ポリマ－145,7428
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area21300 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area53820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.351, 133.351, 217.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: タンパク質
Cellulose synthase operon protein D


分子量: 18217.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetobacter xylinus (バクテリア)
株: ATCC 23769 / プラスミド: PET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P37719
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.4
詳細: 0.2M LI2SO4, 0.1M PHOSPHATE-CITRATE pH 5.4, 10% (V/V) ISO-PROPANOL, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月26日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 27157 / Num. obs: 27157 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 65.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z9E

2z9e
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 22.737 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.637 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27551 2691 9.9 %RANDOM
Rwork0.2089 ---
obs0.21553 24434 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.396 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 0 0 261 5046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.9626648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0035603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.73923.973224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.35915821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1321539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2740.22610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.23280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9081.53095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61724891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05232030
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4624.51757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 210 -
Rwork0.35 1681 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2401-1.7511-0.5594.6690.58541.9273-0.03520.5436-0.2536-0.2488-0.10320.40740.2151-0.4540.1384-0.1842-0.1777-0.05620.0505-0.0054-0.102650.6475-1.957175.6423
21.65490.05190.18971.56451.04254.7352-0.05610.17270.4507-0.01060.0631-0.0506-0.7009-0.0181-0.007-0.0708-0.0986-0.0744-0.19540.0942-0.030159.456525.566288.8117
33.9649-1.9270.01062.4127-0.2971.5269-0.1949-0.47330.36070.51090.1496-0.2016-0.39350.2450.0453-0.0047-0.0976-0.0453-0.0871-0.0819-0.150568.578916.0435122.4168
42.27140.39381.29381.18990.52134.7395-0.0053-0.19550.00220.14650.00380.32820.0123-0.75370.0015-0.2095-0.03320.0896-0.06-0.0177-0.110341.1227.1612109.3437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 150
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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