[日本語] English
万見
- PDB-3aht: Crystal structure of rice BGlu1 E176Q mutant in complex with lami... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aht
タイトルCrystal structure of rice BGlu1 E176Q mutant in complex with laminaribiose
要素Beta-glucosidase 7
キーワードHYDROLASE / BETA-ALPHA-BARRELS / GLYCOSIDE HYDROLASE / OLIGOSACCHARIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / : / beta-glucosidase ...amygdalin beta-glucosidase activity / prunasin beta-glucosidase activity / beta-L-arabinosidase activity / cellobiose glucosidase activity / beta-gentiobiose beta-glucosidase activity / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / : / beta-glucosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-laminaribiose / Beta-glucosidase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chuenchor, W. / Pengthaisong, S. / Robinson, R.C. / Yuvaniyama, J. / Svasti, J. / Ketudat Cairns, J.R.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: The structural basis of oligosaccharide binding by rice BGlu1 beta-glucosidase
著者: Chuenchor, W. / Pengthaisong, S. / Robinson, R.C. / Yuvaniyama, J. / Svasti, J. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase 7
B: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7889
ポリマ－109,4552
非ポリマー1,3337
水1,27971
1
A: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4265
ポリマ－54,7271
非ポリマー6994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-glucosidase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3614
ポリマ－54,7271
非ポリマー6343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.704, 101.476, 128.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 6 - 476 / Label seq-ID: 11 - 481

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Beta-glucosidase 7 / Os3bglu7


分子量: 54727.480 Da / 分子数: 2 / 変異: E176Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 株: ORION
遺伝子: BGLU1, BGLU7, LOC_Os03g49600, Os03g0703000, Os3BGlu7, OSJNBa0004L11.16
プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami(DE3) / 参照: UniProt: Q75I93, beta-glucosidase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose / beta-laminaribiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗菌剤 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-laminaribiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 76分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細COORDINATE RESIDUE NUMBER 24 (UNP RESIDUE NUMBER 52) VAL IS A SEQUENCE CONFLICT IN REFRENCE 1 OF ...COORDINATE RESIDUE NUMBER 24 (UNP RESIDUE NUMBER 52) VAL IS A SEQUENCE CONFLICT IN REFRENCE 1 OF DATABASE UNIPROTKB/SWISS-PROT Q75I93 (BGL07_ORYSJ).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 22% PEG MME 5000, 0.18M AMMONIUM, SULFATE, 0.1M MES, SOAKED WITH 0.010 M LAMINARIBIOSE, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25.7 Å / Num. all: 26210 / Num. obs: 25956 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2544 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.0 (rigid body refinement for isomorphous crystal)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.0 (rigid body refinement for isomorphous crystal)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3F4V

3f4v


解像度: 2.8→25.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 13.28 / SU ML: 0.264 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The crystal has high occupancy laminaribiose in 3AHT, but low occupancy in 3F5L; 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24836 1273 4.9 %RANDOM
Rwork0.20525 ---
all0.238 26210 --
obs0.20737 24681 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.228 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.333 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7602 0 81 71 7754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1081.93310766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.895940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.03823.65400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.48151204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9621544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2841.54674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58427482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.91733242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.584.53284
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3801 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.020.05
tight thermal0.130.5
LS精密化 シェル解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 91 -
Rwork0.263 1578 -
obs--88.73 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る