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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3af0 | ||||||
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タイトル | Pantothenate kinase from Mycobacterium tuberculosis (MtPanK) in complex with GDP and Pantothenate | ||||||
![]() | Pantothenate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Homodimer / COA biosynthesis / Nucleotide binding / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chetnani, B. / Kumar, P. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: M. tuberculosis pantothenate kinase: dual substrate specificity and unusual changes in ligand locations 著者: Chetnani, B. / Kumar, P. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 806.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 811.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35704.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: coaA, Rv1092c / プラスミド: PET-28a(+) (NOVAGEN) / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P63810, UniProt: P9WPA7*PLUS, pantothenate kinase |
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-非ポリマー , 5種, 187分子 ![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/PAU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PAU.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-GDP / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-PAU / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.4-1.8M trisodium citrate, 0.05-0.1M sodium acetate, 10% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月19日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 20208 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 65.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2893 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2GEV 解像度: 2.5→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.796 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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