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- PDB-3adi: Structure of Arabidopsis HYL1 and its molecular implications for ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3adi
タイトルStructure of Arabidopsis HYL1 and its molecular implications for miRNA processing
要素
  • F21M12.9 protein
  • RNA (5'-R(*GP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*C)-3')
キーワードGENE REGULATION/RNA / HYL1 / miRNA processing mechanism / RNA BINDING PROTEIN / GENE REGULATION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear dicing body / ta-siRNA processing / leaf proximal/distal pattern formation / response to cytokinin / leaf vascular tissue pattern formation / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / response to auxin / response to abscisic acid / ribonuclease III activity / miRNA processing ...nuclear dicing body / ta-siRNA processing / leaf proximal/distal pattern formation / response to cytokinin / leaf vascular tissue pattern formation / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / response to auxin / response to abscisic acid / ribonuclease III activity / miRNA processing / pre-miRNA processing / miRNA binding / double-stranded RNA binding / nuclear speck / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
AtDRB-like, first double-stranded RNA binding domain, plant / AtDRB-like, second double-stranded RNA binding domain, plant / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Double-stranded RNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Chen, H.Y.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structure of arabidopsis HYPONASTIC LEAVES1 and its molecular implications for miRNA processing
著者: Yang, S.W. / Chen, H.Y. / Yang, J. / Machida, S. / Chua, N.H. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F21M12.9 protein
B: F21M12.9 protein
C: F21M12.9 protein
D: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0545
ポリマ－31,0545
非ポリマー00
水00
1
A: F21M12.9 protein
D: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5773
ポリマ－14,5773
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8080 Å2
手法PISA
2
B: F21M12.9 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2381
ポリマ－8,2381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: F21M12.9 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2381
ポリマ－8,2381
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.620, 47.620, 115.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 F21M12.9 protein / Hyponastic leave 1 / Putative uncharacterized protein


分子量: 8238.390 Da / 分子数: 3 / 断片: HYL1 dsRBD1, UNP residues 15-84 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HYL1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O04492
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*GP*AP*UP*AP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3120.925 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*UP*AP*UP*CP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3217.957 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, AS, Cacodylate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: 1.54 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 3783 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.975

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DI2

1di2


解像度: 3.2→36.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.824 / SU B: 83.395 / SU ML: 0.647 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.794 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31724 401 9.6 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.21463 3783 98.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.858 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→36.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 422 0 0 2138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6192.2123092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8755210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65723.33381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.31515315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21441
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2360.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.51083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88321713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93731401
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6314.51379
LS精密化 シェル解像度: 3.201→3.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 37 -
Rwork0.266 255 -
obs--97.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.3489 Å / Origin y: 14.2285 Å / Origin z: -4.5144 Å
111213212223313233
T-0.1729 Å20.0646 Å20.0026 Å2--0.1011 Å20.0585 Å2---0.0806 Å2
L1.7219 °20.3888 °20.4309 °2-1.1726 °2-0.3173 °2--1.8074 °2
S0.1511 Å °-0.3658 Å °0.0035 Å °0.1213 Å °-0.2125 Å °-0.0989 Å °0.141 Å °-0.3722 Å °0.0615 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 84
2X-RAY DIFFRACTION1B14 - 84
3X-RAY DIFFRACTION1C14 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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