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万見
- PDB-3abh: Crystal structure of the EFC/F-BAR domain of human PACSIN2/Syndap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3abh
タイトルCrystal structure of the EFC/F-BAR domain of human PACSIN2/Syndapin II (2.0 A)
要素Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
キーワードENDOCYTOSIS / helix bundle / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


caveola assembly / cell projection morphogenesis / plasma membrane tubulation / protein localization to endosome / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / caveolin-mediated endocytosis / regulation of endocytosis / centriolar satellite / cytoskeleton organization ...caveola assembly / cell projection morphogenesis / plasma membrane tubulation / protein localization to endosome / phosphatidic acid binding / negative regulation of endocytosis / caveolin-mediated endocytosis / regulation of endocytosis / centriolar satellite / cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / modulation of chemical synaptic transmission / caveola / phospholipid binding / ruffle membrane / recycling endosome membrane / cell-cell junction / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton organization / early endosome / endosome / nuclear speck / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / glutamatergic synapse / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain ...PACSIN2, F-BAR domain / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shimada, A. / Shirouzu, M. / Hanawa-Suetsugu, K. / Terada, T. / Umehara, T. / Suetsugu, S. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2010
タイトル: Mapping of the basic amino-acid residues responsible for tubulation and cellular protrusion by the EFC/F-BAR domain of pacsin2/Syndapin II
著者: Shimada, A. / Takano, K. / Shirouzu, M. / Hanawa-Suetsugu, K. / Terada, T. / Toyooka, K. / Umehara, T. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S. / Suetsugu, S.
履歴
登録2009年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2
B: Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9402
ポリマ－73,9402
非ポリマー00
水9,926551
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area32040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.522, 86.145, 353.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 2 / PACSIN2


分子量: 36970.117 Da / 分子数: 2 / 断片: EFC/F-BAR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PACSIN2 / 発現宿主: cell free system (unknown) / 参照: UniProt: Q9UNF0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG 3350, 0.1M ammonium fluoride, 0.01M Tris-HCl, 0.075M NaCl, 0.001M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 64396 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 6306 / Rsym value: 0.367 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Structure of the EFC/F-BAR domain of human PACSIN2 (AMINO ACIDS 1-343)

解像度: 2→48.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 59998.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3166 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 62642 93.5 %-
all-62642 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.3319 Å2 / ksol: 0.386818 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.49 Å20 Å20 Å2
2---5.77 Å20 Å2
3---8.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4784 0 0 551 5335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d16.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.912.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 511 5.2 %
Rwork0.256 9401 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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