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万見
- PDB-3abf: Crystal Structure of a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue (TT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3abf
タイトルCrystal Structure of a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue (TTHB242)
要素4-oxalocrotonate tautomerase
キーワードISOMERASE / tautomerase
機能・相同性4-oxalocrotonate tautomerase / Tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / isomerase activity / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 4-oxalocrotonate tautomerase
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Kida, H. / Miki, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a 4-Oxalocrotonate Tautomerase Homologue (TTHB242) from Thermus thermophilus HB8
著者: Kida, H. / Kita, A. / Miki, K.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-oxalocrotonate tautomerase
B: 4-oxalocrotonate tautomerase
C: 4-oxalocrotonate tautomerase
D: 4-oxalocrotonate tautomerase
E: 4-oxalocrotonate tautomerase
F: 4-oxalocrotonate tautomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8489
ポリマ－44,5606
非ポリマー2883
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13810 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.227, 70.676, 89.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
4-oxalocrotonate tautomerase


分子量: 7426.663 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB242 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53WI4, oxaloacetate tautomerase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化温度: 290 K / pH: 5.6
詳細: 0.6M MgSO4, 0.1M sodium citrate pH 5.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 26856 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 22.231
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.94-2.013.80.2922605198.3
2.01-2.094.10.22626491100
2.09-2.184.10.17726531100
2.18-2.34.10.1426621100
2.3-2.444.10.10826551100
2.44-2.634.10.09126771100
2.63-2.94.10.0692675199.9
2.9-3.324.10.0512698199.9
3.32-4.1840.0422725199.9
4.18-503.80.0372857198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BJP

1bjp


解像度: 1.94→43.52 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1371 5.1 %
Rwork0.193 --
obs0.193 26662 99.7 %
溶媒の処理Bsol: 67.79 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 33.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.664 Å20 Å20 Å2
2---1.109 Å20 Å2
3---1.774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→43.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3015 0 15 195 3225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.2651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.4372
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.7632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it9.0552.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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