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- PDB-3abb: Crystal structure of CYP105D6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3abb
タイトルCrystal structure of CYP105D6
要素Cytochrome P450 hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / heme / monooxygenase / macrolide / filipin / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 hydroxylase / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Xu, L.H. / Fushinobu, S. / Takamatsu, S. / Wakagi, T. / Ikeda, H. / Shoun, H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Regio- and stereospecificity of filipin hydroxylation sites revealed by crystal structures of cytochrome P450 105P1 and 105D6 from Streptomyces avermitilis
著者: Xu, L.H. / Fushinobu, S. / Takamatsu, S. / Wakagi, T. / Ikeda, H. / Shoun, H.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 105P1 from Streptomyces avermitilis: conformational flexibility and histidine ligation state
著者: Xu, L.H. / Fushinobu, S. / Ikeda, H. / Wakagi, T. / Shoun, H.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1932
ポリマ－44,5771
非ポリマー6161
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.533, 67.533, 182.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 hydroxylase / CYP105D6


分子量: 44576.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: MA-4680 / 遺伝子: pteD, SAV412, SAV_412 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)
参照: UniProt: Q79ZT5, UniProt: Q93H80*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q79ZT5, UniProt: Q93H80*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月13日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22279 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UED

1ued


解像度: 2.3→33.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.023 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2211 1133 5.1 %RANDOM
Rwork0.16023 ---
obs0.16325 21082 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.716 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2557 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 43 277 3274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0162.0144197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0175380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19423.404141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24215476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.5451526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0791.51908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97623069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2631165
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.014.51128
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 93 -
Rwork0.174 1503 -
obs--99.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.601-0.2148-0.35420.8481-0.03481.11520.10020.25150.2109-0.2183-0.0761-0.1579-0.0740.0861-0.0240.06030.02030.02860.05220.04730.0163-18.25436.65610.415
23.1866-0.71051.58981.0076-0.40240.79580.22930.4142-0.2627-0.1725-0.1411-0.03840.1620.1029-0.08810.09340.02530.00480.0695-0.03860.0313-19.26310.80221.858
31.0374-0.12960.33110.67760.07410.67810.06010.0754-0.0217-0.0483-0.07450.04190.0544-0.06840.01430.04550.00970.01940.054-0.00550.0305-16.85322.38222.264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2A93 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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