PDB-3aag: Crystal structure of C. jejuni pglb C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3aag

タイトル

Crystal structure of C. jejuni pglb C-terminal domain

要素

General glycosylation pathway protein

キーワード

TRANSFERASE / MULTIDOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

undecaprenyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / oligosaccharyl transferase activity / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Maita, N. / Kohda, D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Comparative structural biology of Eubacterial and Archaeal oligosaccharyltransferases.
著者: Maita, N. / Nyirenda, J. / Igura, M. / Kamishikiryo, J. / Kohda, D.

履歴

登録	2009年11月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3aag.cif.gz	111 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3aag.ent.gz	95.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3aag.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3aag_validation.pdf.gz	464.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3aag_full_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示
XML形式データ	3aag_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	3aag_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/3aag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/3aag	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5ytu-4 2c6e-1 4rsm-4 2c3j-d 5jzj-2 5n9s-d 1w69-d 2bhh-d 4x7n-d 1ik6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: General glycosylation pathway protein

B: General glycosylation pathway protein

ヘテロ分子

68.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: General glycosylation pathway protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: General glycosylation pathway protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.258, 115.258, 88.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	General glycosylation pathway protein 分子量: 34204.945 Da / 分子数: 2 / 断片: PGLB C-TERMINAL DOMAIN / 変異: OLIGOSACCHARYLTRANSFERASE / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 株: RM1221 / 遺伝子: CJE1268, pglB / プラスミド: PGEX6P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HTX9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#1: タンパク質

General glycosylation pathway protein

分子量: 34204.945 Da / 分子数: 2 / 断片: PGLB C-TERMINAL DOMAIN / 変異: OLIGOSACCHARYLTRANSFERASE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
株: RM1221 / 遺伝子: CJE1268, pglB / プラスミド: PGEX6P / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HTX9

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 18% PEG 8000, 0.2M CALCIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	1	1.1
シンクロトロン	SPring-8	BL38B1	2	0.97881, 0.97909, 0.9400

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
Bruker DIP-6040	1	CCD	2007年7月4日	mirrors
RIGAKU JUPITER 210	2	CCD	2007年6月21日	mirrors

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	0.97881	1
3	0.97909	1
4	0.94	1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 16621 / Num. obs: 16601 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 68.9 Å² / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.3

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / Num. unique all: 1651 / R_sym value: 0.503 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 33.155 / SU ML: 0.298 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26006	1276	7.7 %	RANDOM
R_work	0.24511	-	-	-
obs	0.24626	15279	99.91 %	-
all	-	15293	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4035	0	1	0	4036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.022	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.335	1.974	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.623	5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.655	24.392	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.258	15	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.154	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.03	0.2	633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.021	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.269	1.5	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.495	2	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.434	3	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.701	4.5	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	94	-
R_work	0.321	1120	-
obs	-	1214	99.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6503	-0.5647	0.3369	7.9924	2.9133	5.6435	-0.3731	-0.3649	0.539	-0.1456	0.0705	0.0185	-0.2125	-0.0331	0.3026	0.328	-0.0096	-0.0396	0.3064	-0.0261	0.3519	-44.1845	35.7798	14.9904
2	1.7407	-0.6621	0.4295	1.6281	-0.2569	2.7272	0.0039	-0.0049	0.0379	-0.0003	0.1029	-0.0613	0.0289	-0.0216	-0.1069	0.2997	-0.0021	-0.0277	0.291	-0.0188	0.3031	-46.8159	25.9634	12.6579
3	1.8026	-0.6118	0.1436	2.1324	0.5935	1.3666	-0.1585	0.1864	-0.2648	0.2056	0.1133	0.21	0.1221	-0.1363	0.0452	0.3538	-0.0084	0.012	0.3107	-0.0355	0.3218	-45.5647	17.4789	12.3298
4	2.8952	-1.3039	-0.3268	3.7208	1.9981	1.1316	0.0278	0.2837	-0.0615	-0.1106	0.0248	-0.0984	-0.0512	0.0689	-0.0527	0.3215	-0.0087	0.0105	0.4222	-0.0367	0.3208	-39.7281	17.5911	1.2783
5	3.9619	-1.6265	-0.5383	7.6288	1.4234	1.1207	-0.1782	0.388	-0.656	0.0707	0.1687	1.0206	0.3916	-0.092	0.0094	0.3595	-0.0177	-0.0296	0.3816	-0.1198	0.3902	-47.5353	7.2894	-0.4442
6	2.6358	-0.0384	-0.1541	2.073	0.39	0.0882	-0.0084	0.3829	-0.0386	-0.21	0.0479	-0.2505	0.0054	-0.014	-0.0395	0.3255	-0.0018	0.0119	0.3744	-0.0679	0.3005	-38.0675	19.0561	4.4221
7	5.1566	0.8557	2.8444	0.8093	0.6197	4.9675	0.159	-0.1376	-0.2185	0.3981	0.0516	-0.3607	0.67	0.0933	-0.2106	0.352	0.0756	-0.2269	0.3604	-0.0941	0.4819	-18.5932	17.6103	22.3275
8	6.3535	0.8572	-1.2352	1.7315	0.6795	2.4055	-0.2954	0.3795	0.5726	0.0851	0.2103	-0.9918	-0.1794	1.0999	0.0851	0.0767	-0.1844	-0.2495	0.8826	0.2983	1.1695	-13.241	23.4123	13.3501
9	3.2339	1.2104	0.2715	3.4997	-2.419	2.8788	0.0013	0.3413	-0.1238	0.3699	-0.2756	-0.6287	0.0485	0.2478	0.2744	0.2794	0.0251	-0.1446	0.449	-0.0603	0.4304	-20.9487	22.5173	15.222
10	4.1285	-1.2477	0.1793	4.2793	0.7725	3.8177	-0.0997	0.3706	0.512	-0.2493	0.1436	-0.4146	-0.2861	0.2304	-0.0439	0.2781	-0.0784	0.0401	0.3259	0.0149	0.3477	-32.9969	29.8046	4.7278
11	9.1397	2.9773	2.2599	2.3642	0.0381	7.5231	-0.2289	-0.4254	-0.2252	-0.0956	0.0082	-0.5087	-0.6734	0.1092	0.2207	0.4658	0.2692	-0.276	0.3247	-0.1449	0.4587	-21.4711	15.2114	39.9639
12	4.4721	2.2451	1.0163	2.269	1.927	1.9967	0.0302	0.0442	-1.1791	0.2454	0.2209	-0.6121	0.272	0.2832	-0.2511	0.569	0.3013	-0.2279	0.337	0.049	0.5722	-27.4013	6.8321	35.586
13	1.6593	-0.8868	0.6671	2.7449	-0.6274	0.7796	-0.032	-0.2991	-0.5181	0.2695	0.0691	-0.044	0.2893	0.2139	-0.0371	0.638	0.3063	-0.2443	0.3834	0.123	0.4988	-31.0651	3.0486	45.1893
14	4.5472	-2.5523	1.2513	2.665	0.5348	1.5932	-0.0959	-0.1121	-0.3407	0.3089	0.1331	0.2077	0.2084	0.0326	-0.0373	0.4052	0.0457	-0.0115	0.3445	-0.0312	0.2824	-49	21.6738	30.7228
15	5.0621	-1.3101	-2.5785	3.6403	-1.6382	2.9616	-0.3883	-0.375	-0.1927	0.5281	0.5416	0.3696	0.0425	-0.115	-0.1532	0.6366	0.1511	-0.0143	0.284	0.0863	0.2003	-52.245	21.5957	41.2805
16	3.2584	-2.1125	0.1942	2.9483	1.5247	1.7605	-0.351	-0.4638	-0.0975	0.433	0.3932	0.0092	0.0851	0.0426	-0.0421	0.5716	0.1779	-0.1241	0.4248	0.0508	0.2205	-41.4978	18.8564	41.829
17	2.6608	-3.1376	-4.4543	3.9813	5.6398	7.9896	-0.3172	-1.2806	0.2667	0.11	0.9196	-0.3306	0.1643	1.5114	-0.6024	0.6763	0.1361	-0.4819	1.3928	-0.0029	0.3825	-30.1797	17.9388	47.5354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	436 - 445
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	446 - 466
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	467 - 489
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	490 - 509
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	510 - 540
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	541 - 578
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	579 - 616
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	617 - 653
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	654 - 682
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	683 - 713
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	436 - 466
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	467 - 493
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	494 - 570
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	571 - 621
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	622 - 658
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	659 - 700
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	701 - 713

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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