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- PDB-3a9q: Crystal Structure Analysis of E173A variant of the soybean ferrit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a9q
タイトルCrystal Structure Analysis of E173A variant of the soybean ferritin SFER4
要素Ferritin-4, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / 4-helix bundle / Chloroplast / Iron / Iron storage / Metal-binding / Plastid / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / chloroplast / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like ...Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Ferritin-4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.896 Å
データ登録者Masuda, T. / Goto, F. / Yoshihara, T. / Mikami, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of plant ferritin reveals a novel metal binding site that functions as a transit site for metal transfer in ferritin
著者: Masuda, T. / Goto, F. / Yoshihara, T. / Mikami, B.
履歴
登録2009年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin-4, chloroplastic
B: Ferritin-4, chloroplastic
C: Ferritin-4, chloroplastic
D: Ferritin-4, chloroplastic
E: Ferritin-4, chloroplastic
F: Ferritin-4, chloroplastic
G: Ferritin-4, chloroplastic
H: Ferritin-4, chloroplastic
I: Ferritin-4, chloroplastic
J: Ferritin-4, chloroplastic
K: Ferritin-4, chloroplastic
L: Ferritin-4, chloroplastic
M: Ferritin-4, chloroplastic
N: Ferritin-4, chloroplastic
O: Ferritin-4, chloroplastic
P: Ferritin-4, chloroplastic
Q: Ferritin-4, chloroplastic
R: Ferritin-4, chloroplastic
S: Ferritin-4, chloroplastic
T: Ferritin-4, chloroplastic
U: Ferritin-4, chloroplastic
V: Ferritin-4, chloroplastic
W: Ferritin-4, chloroplastic
X: Ferritin-4, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)581,065166
ポリマ－575,01524
非ポリマー6,051142
水61,7013425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area131420 Å2
ΔGint-590 kcal/mol
Surface area149940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)223.503, 221.816, 122.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ...
Ferritin-4, chloroplastic / SFerH-4


分子量: 23958.951 Da / 分子数: 24 / 断片: UNP residues 36-247 / 変異: E173A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q948P5, ferroxidase
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 15% PEG 1000, 0.2M calcium acetate, 0.1M imidazole (pH 7.8) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.896→50 Å / Num. all: 477639 / Num. obs: 473818 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 14.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 8.34 / Num. unique all: 23711 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A68

3a68


解像度: 1.896→49.674 Å / FOM work R set: 0.897 / SU ML: 0.2 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 位相誤差: 17.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 23231 5.02 %RANDOM
Rwork0.1504 ---
obs0.1522 463041 96.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.459 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.595 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2264 Å20 Å2-0 Å2
2--3.9231 Å2-0 Å2
3----4.1495 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.896→49.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39181 0 202 3429 42812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00640270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8754732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.27515385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8964-1.9180.23576510.181313182X-RAY DIFFRACTION87
1.918-1.94050.22976950.165613577X-RAY DIFFRACTION91
1.9405-1.96420.21167350.163113724X-RAY DIFFRACTION91
1.9642-1.98910.22817340.176914072X-RAY DIFFRACTION94
1.9891-2.01520.23227410.167214027X-RAY DIFFRACTION93
2.0152-2.04280.20087800.156714197X-RAY DIFFRACTION95
2.0428-2.0720.20067460.156614168X-RAY DIFFRACTION94
2.072-2.10290.20667280.15614343X-RAY DIFFRACTION95
2.1029-2.13580.19757650.147814344X-RAY DIFFRACTION95
2.1358-2.17080.19647930.149414371X-RAY DIFFRACTION95
2.1708-2.20830.21387470.149914485X-RAY DIFFRACTION96
2.2083-2.24840.2088030.146914538X-RAY DIFFRACTION97
2.2484-2.29170.19937510.150714676X-RAY DIFFRACTION97
2.2917-2.33840.19467760.149914681X-RAY DIFFRACTION97
2.3384-2.38930.20137870.146514718X-RAY DIFFRACTION97
2.3893-2.44490.18637480.150114790X-RAY DIFFRACTION98
2.4449-2.5060.1968140.15314862X-RAY DIFFRACTION98
2.506-2.57370.19437870.153714823X-RAY DIFFRACTION98
2.5737-2.64950.18747330.150614924X-RAY DIFFRACTION98
2.6495-2.7350.18768100.156914945X-RAY DIFFRACTION99
2.735-2.83270.18487530.15414982X-RAY DIFFRACTION99
2.8327-2.94610.1847660.148815051X-RAY DIFFRACTION99
2.9461-3.08020.16978120.143915076X-RAY DIFFRACTION99
3.0802-3.24260.17917820.151515148X-RAY DIFFRACTION100
3.2426-3.44570.16458170.142415160X-RAY DIFFRACTION100
3.4457-3.71160.16878260.136215197X-RAY DIFFRACTION100
3.7116-4.0850.15518510.124215211X-RAY DIFFRACTION100
4.085-4.67570.13798160.116315306X-RAY DIFFRACTION100
4.6757-5.88940.16158000.140915470X-RAY DIFFRACTION100
5.8894-49.69140.17558840.176215762X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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