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- PDB-3a8e: The structure of AxCesD octamer complexed with cellopentaose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a8e
タイトルThe structure of AxCesD octamer complexed with cellopentaose
要素Cellulose synthase operon protein D
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / COMPLEX / OCTAMER / TETRAMER OF DIMERS / MOLECULE RING / CELLULOSE BIOSYNTHESIS / BCSD / TC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3790 / Alpha-Beta Plaits - #2590 / Cellulose synthase operon protein D, bacterial / Cellulose synthase subunit D superfamily / Cellulose synthase subunit D / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellopentaose / Cellulose synthase operon protein D
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter xylinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hu, S.Q. / Tajima, K. / Zhou, Y. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of bacterial cellulose synthase subunit D octamer with four inner passageways
著者: Hu, S.Q. / Gao, Y.G. / Tajima, K. / Sunagawa, N. / Zhou, Y. / Kawano, S. / Fujiwara, T. / Yoda, T. / Shimura, D. / Satoh, Y. / Munekata, M. / Tanaka, I. / Yao, M.
#1: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2008
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray studies of AxCesD required for efficient cellulose biosynthesis in Acetobacter xylinum
著者: Yao, M. / Hu, S.Q. / Gao, Y.G. / Tajima, K. / Yoda, T. / Shimura, D. / Satoh, Y. / Kawano, S. / Tanaka, I. / Munekata, M.
履歴
登録2009年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulose synthase operon protein D
B: Cellulose synthase operon protein D
C: Cellulose synthase operon protein D
D: Cellulose synthase operon protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3577
ポリマ－72,8714
非ポリマー2,4863
水3,207178
1
A: Cellulose synthase operon protein D
B: Cellulose synthase operon protein D
C: Cellulose synthase operon protein D
D: Cellulose synthase operon protein D
ヘテロ分子

A: Cellulose synthase operon protein D
B: Cellulose synthase operon protein D
C: Cellulose synthase operon protein D
D: Cellulose synthase operon protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,71414
ポリマ－145,7428
非ポリマー4,9726
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area22170 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area53510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.877, 132.877, 216.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-203-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Cellulose synthase operon protein D / Cellulose synthase subunit D / AxCesD


分子量: 18217.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetobacter xylinus (バクテリア)
株: ATCC 23769 / 遺伝子: acsD / プラスミド: PET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: P37719
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 % / Mosaicity: 0.392 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M PHOSPHATE-CITRATE, 0.2M LI2SO4, 10% (V/V) ISO-PROPANOL, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 19771 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 70.456 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Χ2: 1.017 / Net I/σ(I): 24.067
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique all: 1944 / Rsym value: 0.399 / Χ2: 0.697 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
LAFIRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z9F

2z9f
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 35.882 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; LAFIRE was also used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29259 1925 9.8 %RANDOM
Rwork0.24178 ---
obs0.24677 19682 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.634 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4828 0 168 178 5174
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4692.0147071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9345609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.73624.105229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.52515827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.861538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.22763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.23460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3090.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4981.53112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88524928
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.49132298
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8724.52143
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.002→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 147 -
Rwork0.309 1254 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06030.00431.39620.00030.098732.3170.26270.1848-0.68530.25140.3016-0.67231.51531.9767-0.56430.3433-0.0968-0.05440.4321-0.07990.384662.27484.200198.6902
25.411-2.20841.08754.1238-0.81092.4864-0.2066-0.55590.55460.52450.108-0.2799-0.57180.30060.0986-0.0604-0.1081-0.044-0.0038-0.1057-0.194268.608716.4985122.1649
32.99390.57941.17551.38110.3975.4246-0.0008-0.28760.22120.098-0.08460.4237-0.0477-0.72060.0854-0.25360.01480.08470.0249-0.0428-0.065640.67937.1399108.9796
41.99130.07790.13882.84151.63345.7101-0.10940.12670.5006-0.07190.09730.0553-0.83920.05050.0121-0.0903-0.0421-0.0918-0.22320.0923-0.02659.184825.703788.5536
54.1969-2.3081-0.96084.9261.64372.7436-0.07880.5852-0.3172-0.3485-0.15350.48940.1227-0.57820.2323-0.2005-0.1919-0.06290.09-0.0287-0.126750.0476-2.272475.0951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1B4 - 10
3X-RAY DIFFRACTION1C4 - 10
4X-RAY DIFFRACTION1D4 - 10
5X-RAY DIFFRACTION2A11 - 150
6X-RAY DIFFRACTION3B11 - 150
7X-RAY DIFFRACTION4C11 - 150
8X-RAY DIFFRACTION5D11 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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