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- PDB-3a5u: Promiscuity and specificity in DNA binding to SSB: Insights from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a5u
タイトルPromiscuity and specificity in DNA binding to SSB: Insights from the structure of the Mycobacterium smegmatis SSB-ssDNA complex
要素
  • DNA (31-MER)
  • Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kaushal, P.S. / Manjunath, G.P. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: To be Published / 年: 2009
タイトル: Promiscuity and specificity in DNA binding to SSB: Insights from the structure of the Mycobacterium smegmatis SSB-ssDNA complex.
著者: Kaushal, P.S. / Manjunath, G.P. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of the DNA binding domain of E. coli SSB bound to ssDNA
著者: Raghunathan, S. / Kozlov, A.G. / Lohman, T.M. / Waksman, G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis single-stranded DNA-binding protein. Variability in quaternary structure and its implications
著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and ...タイトル: Structure of Mycobacterium smegmatis single-stranded DNA-binding protein and a comparative study involving homologus SSBs: biological implications of structural plasticity and variability in quaternary association
著者: Saikrishnan, K. / Manjunath, G.P. / Singh, P. / Jeyakanthan, J. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Single-stranded DNA-binding protein complex from Helicobacter pylori suggests an ssDNA-binding surface
著者: Chan, K.W. / Lee, Y.J. / Wang, C.H. / Huang, H. / Sun, Y.J.
履歴
登録2009年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: DNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0053
ポリマ－37,0053
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: DNA (31-MER)

A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: DNA (31-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0106
ポリマ－74,0106
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area9710 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area22700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)112.330, 112.330, 48.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPHEPHEAA5 - 215 - 21
21THRTHRPHEPHEBB5 - 215 - 21
12VALVALTHRTHRAA28 - 3628 - 36
22VALVALTHRTHRBB28 - 3628 - 36
13ALAALAGLNGLNAA52 - 8552 - 85
23ALAALAGLNGLNBB52 - 8552 - 85
14VALVALALAALAAA98 - 11598 - 115
24VALVALALAALABB98 - 11598 - 115

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein


分子量: 14042.684 Da / 分子数: 2 / 断片: Chymotryptic fragment, UNP residues 1-130 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: mc(2)155 / 遺伝子: ssb / プラスミド: PET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9AFI5
#2: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 8919.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Biomolecule has been synthesized
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Hepes, pH7.5, 30% PEG200, 22% PEG4000, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Hepes11
2PEG20011
3PEG400011
4glycerol11
5Hepes12
6PEG20012
7PEG400012
8glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月19日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 8062 / Num. obs: 8048 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1135 / Rsym value: 0.543 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X3E

1x3e


解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 26.401 / SU ML: 0.274 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28305 370 4.6 %RANDOM
Rwork0.23839 ---
obs0.24035 7654 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1656 507 0 73 2236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8052.2293110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5285225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59722.72766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27515245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.671518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2840.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3050.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3491.51157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.33921803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7631243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9994.51307
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
312tight positional0.060.05
286medium positional0.190.5
312tight thermal1.540.5
286medium thermal1.272
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 27 -
Rwork0.395 553 -
obs--97.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7078-0.2362-0.62342.1565-0.48352.11320.1766-0.05310.34410.18490.0491-0.0038-0.19440.004-0.22580.25490.0280.08880.14960.07240.2294-25.922141.2069.3763
22.33190.3739-0.69652.47380.10171.8419-0.0096-0.09980.17040.0941-0.1022-0.1026-0.1538-0.0190.11170.0881-0.0155-0.02540.14950.02980.0972-9.117925.025812.7637
31.2735-0.53540.86532.347-0.57661.45960.0993-0.1420.0611-0.1611-0.1166-0.42820.0338-0.06020.01730.098-0.10050.09460.1532-0.0120.045-10.998731.192510.5356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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