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- PDB-3a4k: Crystal structural analysis of HindIII restriction endonuclease i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4k
タイトルCrystal structural analysis of HindIII restriction endonuclease in complex with cognate DNA and divalent cations at 2.17 angstrom resolution
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
  • Type-2 restriction enzyme HindIII
キーワードHYDROLASE/DNA / Type II restriction enzyme HindIII(E.C.3.1.21.4)/DNA / hydrolase-DNA COMPLEX / Endonuclease / Hydrolase / Nuclease / Restriction system
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system
類似検索 - 分子機能
Type II restriction endonuclease, HindIII / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1510 / Restriction endonuclease, type II, HindIII / Restriction endonuclease, type II, HindIII superfamily / HindIII restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme HindIII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Watanabe, N. / Sato, C. / Takasaki, Y. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structures of restriction endonuclease HindIII in complex with its cognate DNA and divalent cations
著者: Watanabe, N. / Takasaki, Y. / Sato, C. / Ando, S. / Tanaka, I.
履歴
登録2009年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX Determination method: Author determined

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme HindIII
C: Type-2 restriction enzyme HindIII
B: Type-2 restriction enzyme HindIII
D: Type-2 restriction enzyme HindIII
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
L: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
M: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,08328
ポリマ－162,34614
非ポリマー73714
水10,323573
1
A: Type-2 restriction enzyme HindIII
B: Type-2 restriction enzyme HindIII
E: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
J: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,87813
ポリマ－77,5106
非ポリマー3697
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14170 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area26020 Å2
手法PISA
2
C: Type-2 restriction enzyme HindIII
D: Type-2 restriction enzyme HindIII
G: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')
L: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,87813
ポリマ－77,5106
非ポリマー3697
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14180 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area25910 Å2
手法PISA
3
M: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3272
ポリマ－7,3272
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.460, 132.211, 94.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質
Type-2 restriction enzyme HindIII / HindIIIR / R.HindIII / Type II restriction enzyme HindIII / Endonuclease HindIII


分子量: 35136.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: Rd KW20 / 遺伝子: hindIIIR / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P43870, type II site-specific deoxyribonuclease

-
DNA鎖 , 3種, 10分子 EGIKFHJLMN

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 1175.819 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5'-fragment of cleaved cognate DNA with HindIIIR
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 2442.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 3'-fragment of cleaved cognate DNA with HindIIIR
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*AP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This DNA sequence synthesized chemically contains cognate HindIIIR recognition sequence and elongated scaffolds on both sides

-
非ポリマー , 5種, 587分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細MG ION WAS USED IN THE EXPERIMENT, BUT METAL IONS AT SITES O, P, Q AND R IN THE STRUCTURE HAVE BEEN ...MG ION WAS USED IN THE EXPERIMENT, BUT METAL IONS AT SITES O, P, Q AND R IN THE STRUCTURE HAVE BEEN DEDUCED AS MN ION USING REFINED TEMPERATURE FACTORS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350, ammonium acetate, Magnesium ion, glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 100664 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0062精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E52

2e52


解像度: 2.17→41.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.791 / SU ML: 0.125 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 5018 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 100399 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.53 Å2 / Biso mean: 36.106 Å2 / Biso min: 15.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.53 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.17 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2388 Å / Luzzati sigma a obs: 0.192792 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→41.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9775 1462 36 573 11846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02211594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7792.13315887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21551182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.52225.753485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57151991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5671537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9691.55954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82929619
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.80435640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2874.56268
LS精密化 シェル解像度: 2.169→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 374 -
Rwork0.225 6827 -
all-7201 -
obs--97.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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