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万見
- PDB-3a4c: Crystal structure of cdt1 C terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a4c
タイトルCrystal structure of cdt1 C terminal domain
要素DNA replication factor Cdt1
キーワードCell cycle / Replication / alpha-beta structure / DNA replication / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


Switching of origins to a post-replicative state / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / Assembly of the pre-replicative complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Orc1 removal from chromatin / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling ...Switching of origins to a post-replicative state / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication preinitiation complex assembly / response to sorbitol / Assembly of the pre-replicative complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / Orc1 removal from chromatin / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of DNA-templated DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / kinetochore / nuclear body / chromatin binding / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain / CDT1 Geminin-binding domain-like / DNA replication factor Cdt1 / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor CDT1 like / DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA replication factor Cdt1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.889 Å
データ登録者Cho, Y. / Lee, J.H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Cdt1 C-terminal domain: Conservation of the winged helix fold in replication licensing factors
著者: Khayrutdinov, B.I. / Bae, W.J. / Yun, Y.M. / Lee, J.H. / Tsuyama, T. / Kim, J.J. / Hwang, E. / Ryu, K.-S. / Cheong, H.-K. / Cheong, C. / Ko, J.-S. / Enomoto, T. / Karplus, P.A. / Guntert, P. ...著者: Khayrutdinov, B.I. / Bae, W.J. / Yun, Y.M. / Lee, J.H. / Tsuyama, T. / Kim, J.J. / Hwang, E. / Ryu, K.-S. / Cheong, H.-K. / Cheong, C. / Ko, J.-S. / Enomoto, T. / Karplus, P.A. / Guntert, P. / Tada, S. / Jeon, Y.H. / Cho, Y.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32025年4月30日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication factor Cdt1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1081
ポリマ－12,1081
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.565, 52.565, 96.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DNA replication factor Cdt1 / Double parked homolog / DUP / Retroviral insertion site 2 protein


分子量: 12108.196 Da / 分子数: 1 / 断片: C terminal domain, residues 452-557 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdt1, Ris2 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8R4E9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 3.8M NaCl, 100mM Sodium Citrate, 5mM DTT, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月10日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.889→50 Å / Num. all: 20616 / Num. obs: 11409 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 67
反射 シェル解像度: 1.889→1.97 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 12.1 / Num. unique all: 1122 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.889→37.169 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 570 5.12 %
Rwork0.2113 10556 -
obs0.2125 11126 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.73 Å2 / ksol: 0.404 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.21 Å2 / Biso mean: 21.061 Å2 / Biso min: 3.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.257 Å20 Å2-0 Å2
2--1.257 Å20 Å2
3----2.514 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.889→37.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数846 0 0 78 924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0281163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.547332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8894-2.07960.22761220.19822500X-RAY DIFFRACTION95
2.0796-2.38040.22841320.1922614X-RAY DIFFRACTION98
2.3804-2.99890.21731630.21972611X-RAY DIFFRACTION98
2.9989-37.17620.2541530.21672831X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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