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- PDB-3a2k: Crystal structure of TilS complexed with tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a2k
タイトルCrystal structure of TilS complexed with tRNA
要素
  • bacterial tRNA
  • tRNA(Ile)-lysidine synthase
キーワードLIGASE/RNA / Ligase / RNA / pseudo-knot / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAIle-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthase activity / tRNA modification / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (Ile)-lysidine synthase / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #60 / Lysidine-tRNA(Ile) synthetase, C-terminal / tRNA(Ile)-lysidine synthase , substrate-binding domain / TilS substrate binding domain / TilS substrate C-terminal domain / TilS substrate C-terminal domain / tRNA(Ile)-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthase, N-terminal / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal ...tRNA (Ile)-lysidine synthase / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #60 / Lysidine-tRNA(Ile) synthetase, C-terminal / tRNA(Ile)-lysidine synthase , substrate-binding domain / TilS substrate binding domain / TilS substrate C-terminal domain / TilS substrate C-terminal domain / tRNA(Ile)-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthase, N-terminal / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop family / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / tRNA(Ile)-lysidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Nakanishi, K. / Bonnefond, L. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structural basis for translational fidelity ensured by transfer RNA lysidine synthetase.
著者: Nakanishi, K. / Bonnefond, L. / Kimura, S. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2009年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA(Ile)-lysidine synthase
B: tRNA(Ile)-lysidine synthase
C: bacterial tRNA
D: bacterial tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,8164
ポリマ－155,8164
非ポリマー00
水00
1
A: tRNA(Ile)-lysidine synthase
C: bacterial tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9082
ポリマ－77,9082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area33500 Å2
手法PISA
2
B: tRNA(Ile)-lysidine synthase
D: bacterial tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9082
ポリマ－77,9082
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area33320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.734, 157.396, 208.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A
211chain B
112chain C
212chain D

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 tRNA(Ile)-lysidine synthase / tRNA(Ile)-lysidine synthetase / tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase


分子量: 53188.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
株: HTA426 / 遺伝子: GK0060, tilS / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codonplus
参照: UniProt: Q5L3T3, 合成酵素; C-N結合を形成; その他のC-N結合を形成
#2: RNA鎖 bacterial tRNA


分子量: 24719.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPT
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.572.7
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.545mM Na-cacodylate (pH 6.5), 200mM NaCl, 225mM ammonium acetate, 11mM CaCl2, 7.2 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.550mM Na-cacodylate buffer (pH 5.5), 280mM ammonium acetate, 12mM CaCl2, 4% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.97917, 0.97942, 0.99500
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年6月13日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年10月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979171
30.979421
40.9951
反射解像度: 3.65→50 Å / Num. all: 31287 / Num. obs: 31287 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 112.13 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 3.65→3.71 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1284 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 81.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.65→43.751 Å / SU ML: 2.26 / σ(F): 0.28 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2664 1553 5 %RANDOM
Rwork0.2158 ---
all0.2183 31067 --
obs0.2183 31067 96.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.388 Å2 / ksol: 0.228 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 149.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.4002 Å20 Å20 Å2
2---9.8613 Å20 Å2
3----2.5388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→43.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7448 3276 0 0 10724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6515972
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.1365046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0911854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061504
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3724X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3724X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
21C1638X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1638X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.65-3.76780.42731210.392232686
3.7678-3.90230.33881380.3449259495
3.9023-4.05850.35771370.3163261797
4.0585-4.2430.31261400.2585265497
4.243-4.46650.29791410.2195268398
4.4665-4.74610.2411420.1828270898
4.7461-5.1120.23731440.1704272799
5.112-5.62550.24141440.1655274199
5.6255-6.43730.23451450.1611276099
6.4373-8.10190.22091480.1422799100
8.1019-43.75460.21911530.197290598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.61671.32070.82061.5541-1.9670.9265-0.131-0.32141.11610.15940.00750.1527-0.2428-0.34240.00040.74820.2567-0.01781.1605-0.41551.2106-58.942911.014620.0632
24.22010.54160.27893.70081.8012.9766-0.4914-0.2286-0.120.7007-0.25681.70760.2576-0.3934-1.04790.60360.14990.00271.0669-0.04990.395-38.2958-16.848130.8823
32.45790.9346-2.09581.5611-3.27590.7949-0.37850.26370.57810.74170.02990.3592-0.2426-0.3831-0.03261.1836-0.08690.29470.701-0.2030.8359-28.6949-47.896347.8177
43.47910.6004-0.1150.36220.35744.1572-0.07970.00690.2709-0.1470.0768-0.3958-0.00420.5240.00010.6476-0.1039-0.0110.9866-0.1771.4251-16.992811.293319.8886
54.8722.1521.85196.933-1.4252.2981-0.35810.40970.215-0.61260.8248-1.7739-0.70190.6929-0.23940.48020.15630.18970.71670.10130.5806-37.4088-1.769-7.1704
63.79741.0448-0.59671.3382-0.5012.87-0.3892-0.26660.2992-0.57860.0775-0.35920.3011-0.078-0.00041.06550.02050.19930.4732-0.06310.9055-46.6649-13.1301-40.7541
71.10742.02120.21532.045-0.43150.10850.1206-0.9881-0.0077-0.401-0.3634-0.9503-0.5199-0.4692-01.4154-0.1023-0.2171.0582-0.42661.2404-11.5987-24.810549.3807
80.9397-0.23191.86151.0547-0.9055-0.66270.7559-0.85581.33811.1285-0.5248-0.5956-0.6255-0.65750.00021.6389-0.0775-0.23221.7837-0.21491.2896-20.5759-6.09949.4726
9-0.0248-1.69750.01190.8642-2.777-0.7154-0.1618-0.3012-0.52820.75580.6420.7012-0.5105-0.5331-0.00011.39460.3782-0.02641.7475-0.22371.4337-43.58583.031439.6203
102.3009-0.60990.88011.67611.06183.8562-0.02390.40161.25120.4669-1.26450.2794-0.5319-0.6839-0.00141.36170.5347-0.02461.1907-0.11891.8295-63.42745.7271-27.1457
110.2947-0.7711.73240.81412.94010.4492-0.4538-0.80551.49380.2511-0.54050.9453-1.5253-1.0751-0.00062.28230.561-0.04391.7161-0.00781.9895-54.524119.4183-14.3359
120.17740.2989-0.8314-1.43631.16261.89930.0768-0.21671.10920.7263-0.45910.6229-1.90351.0396-01.8977-0.2946-0.27271.6750.01841.7644-32.075618.88690.0111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:236
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 237:332
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 333:462
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resid 1:236
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resid 237:332
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 333:462
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and (resid 1:7 or resid 50:99)
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resid 8:26 or resid 46:49)
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and (resid 27:45)
10X-RAY DIFFRACTION10chain D and (resid 1:7 or resid 50:99)
11X-RAY DIFFRACTION11chain D and (resid 8:26 or resid 46:49)
12X-RAY DIFFRACTION12chain D and (resid 27:45)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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