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- PDB-3a1r: Neutron crystal structure analysis of bovine pancreatic ribonuclease A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a1r
タイトルNeutron crystal structure analysis of bovine pancreatic ribonuclease A
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Bovine pancreatic ribonuclease A / Neutron structure / Endonuclease / glycation / Glycoprotein / Secreted / Disulfide bond / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yagi, D. / Tanaka, I. / Niimura, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: A neutron crystallographic analysis of phosphate-free ribonuclease A at 1.7 A resolution
著者: Yagi, D. / Yamada, T. / Kurihara, K. / Ohnishi, Y. / Yamashita, M. / Tamada, T. / Tanaka, I. / Kuroki, R. / Niimura, N.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7081
ポリマ－13,7081
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.380, 38.558, 53.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.2
詳細: 50% tert-butyl alcohol, temperature 298K, then the crystal was soaked in heavy water solution, PH6.2, for two months, BATCH

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: JRR-3M / ビームライン: 1G-B / 波長: 2.6 / 波長: 2.6 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月22日
放射モノクロメーター: ELLASTICALLY BENT SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.6 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→80 Å / Num. all: 15039 / Num. obs: 15039 / % possible obs: 64 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / % possible all: 19.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KF4

1kf4


解像度: 1.7→30.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 666500.05 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 750 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 15029 63.9 %-
all-15029 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 13 Å2 / ksol: 0.06 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å2-0.32 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3----0.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 0 92 1043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.912.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 50 5.4 %
Rwork0.333 870 -
obs-870 23.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PRO3.paramPRO2.top
X-RAY DIFFRACTION2SOL.paramSOL.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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