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万見
- PDB-397d: A 1.3 A RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV-1 TRANS-ACTIVATIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 397d
タイトルA 1.3 A RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV-1 TRANS-ACTIVATION RESPONSE REGION RNA STEM REVEALS A METAL ION-DEPENDENT BULGE CONFORMATION
要素
  • RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
キーワードRNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASES
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Ippolito, J.A. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: A 1.3-A resolution crystal structure of the HIV-1 trans-activation response region RNA stem reveals a metal ion-dependent bulge conformation.
著者: Ippolito, J.A. / Steitz, T.A.
履歴
登録1998年4月30日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7486
ポリマ－8,5872
非ポリマー1604
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.100, 27.100, 31.600
Angle α, β, γ (deg.)69.20, 77.50, 63.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*CP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*GP*AP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4846.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*GP*CP*CP*C)-3')


分子量: 3740.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MGCL211
3NA-CACODYLATE11
4NH4CL11
5CACL211
6WATER12
7NH4CL12
8CACL212
9PRECIPITATING BUFFER12
10ETHYLENE GLYCOL13
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11 mMprotein solution1drop
220 %PEG40001reservoir
3200 mM1reservoirNH4Cl
4100 mM1reservoirCaCl2
550 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0
61
71
81
91
101

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID
シンクロトロンCHESS A11
回転陽極RIGAKU RU3002
検出器
タイプID検出器日付
PRINCETON 2K1CCD1997年5月1日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE
放射
ID散乱光タイプWavelength-ID
1x-ray1
2x-ray2
放射波長
ID相対比
11
21
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 17465 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.8 % / Rmerge(I) obs: 0.267

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.3→20 Å / Data cutoff high absF: 20 / Data cutoff low absF: 15734 / 交差検証法: R FREE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.177 1731 0.099 %RANDOM
all0.131 17465 --
obs0.126 -85 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 567 4 178 749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor Rwork: 0.126
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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