PDB-396d: CRYSTAL STRUCTURES OF TWO ISOMOPHOUS A-DNA DECAMERS D(GTACGCGTAC)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 396d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURES OF TWO ISOMOPHOUS A-DNA DECAMERS D(GTACGCGTAC) AND D(GGCCGCGGCC)

要素

DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*C)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ban, C. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Two Isomophous A-DNA Decamers d(GTACGCGTAC) and d(GGCCGCGGCC)
著者: Ban, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1998年4月29日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1998年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年5月3日	Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	396d.cif.gz	14.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb396d.ent.gz	9.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	396d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	396d_validation.pdf.gz	317.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	396d_full_validation.pdf.gz	320.9 KB	表示
XML形式データ	396d_validation.xml.gz	1.5 KB	表示
CIF形式データ	396d_validation.cif.gz	2.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/96/396d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/96/396d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	327d-1 1d88-d 138d-1 1fix-d 220d-1 2b1b-d 401d-1 348d-1 3ey2-d 2jxq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*C)-3')

3.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*GP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*CP*C)-3')

登録者が定義した集合体
6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.050, 39.050, 82.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPGPCPCPGPCPGPGPCPC)-3') 分子量: 3046.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.55 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
Temp details: 291

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	NA-CACODYLATE	1	1
3	COBALT HEXAMINE	1	1
4	MPD	1	1
5	MPD	1	2

-
データ収集

検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月23日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 2916 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.025

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.2	精密化
XENGEN		データ削減
XENGEN		データスケーリング

精密化

解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
R_work	0.189	-
obs	0.189	2760

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	0	59	261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.6
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PARAM11.DNA

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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