PDB-395d: CRYSTAL STRUCTURES OF TWO ISOMORPHOUS A-DNA DECAMERS D(GTACGCGTAC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 395d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURES OF TWO ISOMORPHOUS A-DNA DECAMERS D(GTACGCGTAC) AND D(GGCCGCGGCC)

要素

DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

キーワード

DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ban, C. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Two Isomorphous A-DNA Decamers d(GTACGCGTAC) and d(GGCCGCGGCC)
著者: Ban, C. / Ramakrishnan, B. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1998年4月29日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1998年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年11月16日	Group: Atomic model
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	395d.cif.gz	15.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb395d.ent.gz	9.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	395d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	395d_validation.pdf.gz	319.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	395d_full_validation.pdf.gz	325.2 KB	表示
XML形式データ	395d_validation.xml.gz	2.1 KB	表示
CIF形式データ	395d_validation.cif.gz	2.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/95/395d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/95/395d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	349d-1 1i0j-d 260d-1 2b1b-d 1dno-d 3iff-d 1d13-1 327d-1 168d-d 220d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

3.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*GP*CP*GP*TP*AP*C)-3')

登録者が定義した集合体
6.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.260, 39.260, 77.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-106- HOH
2	1	A-122- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPTPAPCPGPCPGPTPAPC)-3') 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.67 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	NA-CACODYLATE	1	1
3	COBALT HEXAMINE	1	1
4	MPD	1	1
5	WATER	1	2
6	MPD	1	2

-
データ収集

検出器	タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月13日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 2656 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.025

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.2	精密化
XENGEN		データ削減
XENGEN		データスケーリング

精密化

解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
R_work	0.195	-
obs	0.195	2089

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	0	40	242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.027
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.9
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PARAM11.DNA

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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