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Yorodumi- PDB-36zl: Structure of Bacteroides thetaiotaomicron ATP:cob(I)alamin adenos... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 36zl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of Bacteroides thetaiotaomicron ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase (ATR or BtuR, BT2760)bound to cob(II)alamin and ATP | ||||||
Components | Corrinoid adenosyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / cobalamin / chaperone / ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationcorrinoid adenosyltransferase / corrinoid adenosyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Mascarenhas, R. / Maurya, B. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: A new role for a B12 chaperone: adenosyltransferase loads cobalamin onto methionine synthase Authors: Maurya, B. / Mascarenhas, R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 36zl.cif.gz | 427 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb36zl.ent.gz | 351.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 36zl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6z/36zl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/6z/36zl | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 36zi |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 21272.240 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria)Gene: BT_2760 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 87 molecules 












| #2: Chemical | | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.6 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 3350, 200 mM Ammonium Chloride |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97872 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 7, 2025 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→61.65 Å / Num. obs: 55707 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 223730 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / % possible obs: 92.1 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Num. measured all: 12905 / Num. unique obs: 4224 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.331 / Rrim(I) all: 0.625 / Χ2: 0.64 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2→45.2 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.04 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Bacteroides thetaiotaomicron (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
PDBj




