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- PDB-32tc: Crystal structure of the human SPRY domain-containing SOCS box pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 32tc
タイトルCrystal structure of the human SPRY domain-containing SOCS box protein SPSB4 bound to fragment Z104474228
要素SPRY domain-containing SOCS box protein 4
キーワードPROTEIN BINDING / E3 ligase / SOCS Box / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein polyubiquitination / rhythmic process / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction ...positive regulation of protein polyubiquitination / rhythmic process / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / regulation of circadian rhythm / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily ...: / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methylthiophene-2-carboxylic acid / CITRATE ANION / SPRY domain-containing SOCS box protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Randall, G.T. / Costello, N.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other private 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic fragment screening of a human E3 ligase
著者: Randall, G.T. / Costello, N.A. / Koekemoer, L. / von Delft, F.
履歴
登録2026年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6008
ポリマ－22,7571
非ポリマー8437
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area9430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)63.617, 84.000, 68.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

CL

21A-524-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SPRY domain-containing SOCS box protein 4 / SSB-4


分子量: 22756.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Ser-Met from affinity tag, residues 28-233
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB4, SSB4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96A44

-
非ポリマー , 5種, 147分子

#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-60P / 3-methylthiophene-2-carboxylic acid


分子量: 142.176 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Sodium Citrate pH 5.5, 20% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9156 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2026年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9156 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→31.81 Å / Num. obs: 26521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 16.21 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 1285 / CC1/2: 0.458 / Rpim(I) all: 0.88 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
DIMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→31.81 Å / SU ML: 0.2646 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3777
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2459 1339 5.09 %
Rwork0.2024 24963 -
obs0.2047 26302 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→31.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1565 0 51 140 1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99852308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0104309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1778248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.610.36831350.36262330X-RAY DIFFRACTION95.28
1.61-1.680.42711330.34632459X-RAY DIFFRACTION98.56
1.68-1.760.36491250.30692494X-RAY DIFFRACTION99.39
1.76-1.850.32561250.26152474X-RAY DIFFRACTION99.81
1.85-1.960.28871200.23912511X-RAY DIFFRACTION99.62
1.96-2.120.23581130.19772519X-RAY DIFFRACTION99.81
2.12-2.330.24981370.20942512X-RAY DIFFRACTION99.85
2.33-2.670.25481440.18752505X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-3.360.22971420.16682539X-RAY DIFFRACTION99.89
3.36-31.810.18681650.15422620X-RAY DIFFRACTION99.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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