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- PDB-2zzq: Crystal structure analysis of the HEV capsid protein, PORF2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzq
タイトルCrystal structure analysis of the HEV capsid protein, PORF2
要素Protein ORF3, Capsid protein
キーワードVIRUS / Viral capsid protein / Virus-like particle / hepatitis E virus / HEV / Cytoplasm / Host-virus interaction / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / structural molecule activity ...: / T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Hepatitis E virus Orf2, capsid / Hepatitis E virus ORF-2 (Putative capsid protein) / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Beta Barrel ...Hepatitis E virus Orf2, capsid / Hepatitis E virus ORF-2 (Putative capsid protein) / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Secreted protein ORF2 / Protein ORF3
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Miyazaki, N. / Xing, L. / Wang, C.-Y. / Li, T.-C. / Takeda, N. / Higashiura, A. / Nakagawa, A. / Tsukihara, T. / Miyamura, T. / Cheng, R.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Role of protein domain-modularity in designating capsid assembly and antigenicity
著者: Miyazaki, N. / Xing, L. / Wang, C.-Y. / Li, T.-C. / Takeda, N. / Higashiura, A. / Nakagawa, A. / Tsukihara, T. / Miyamura, T. / Cheng, R.H.
履歴
登録2009年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein ORF3, Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1781
ポリマ－59,1781
非ポリマー00
水00
1
A: Protein ORF3, Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,550,69060
ポリマ－3,550,69060
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Protein ORF3, Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 296 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,8915
ポリマ－295,8915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Protein ORF3, Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 355 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,0696
ポリマ－355,0696
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)337.000, 347.000, 354.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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53generate(-0.47294, -0.015162, -0.880964), (0.404184, 0.884712, -0.23221), (0.78292, -0.465892, -0.412287)0.39387, 1.013, 4.409
54generate(0.06869, 0.869518, -0.489102), (0.933553, 0.116857, 0.338858), (0.351797, -0.479878, -0.803713)2.66226, -2.24009, 4.97156
55generate(0.748684, -0.274749, 0.603312), (-0.590623, -0.689746, 0.418827), (0.30106, -0.669899, -0.678674)-3.13873, -7.18942, 3.91611
56generate(-0.053503, -0.342792, 0.937887), (-0.920234, 0.381584, 0.086971), (-0.387695, -0.858421, -0.335865)-5.61642, -3.11143, 1.23488
57generate(-0.357165, -0.674544, -0.646083), (-0.673859, -0.292901, 0.678324), (-0.646798, 0.677642, -0.349934)-2.10742, -7.00625, 5.42911
58generate(-0.999066, 0.032821, 0.028094), (0.032953, 0.158376, 0.986829), (0.02794, 0.986833, -0.15931)-2.92126, -5.53012, 6.75045
59generate(-0.063467, -0.127504, -0.989805), (0.996103, -0.068969, -0.054986), (-0.061254, -0.989437, 0.131384)1.01471, -1.41617, -0.12803
60generate(-0.02467, -0.878632, 0.476861), (0.499224, -0.424099, -0.755589), (0.866122, 0.21942, 0.449097)-5.79982, -1.05245, 3.72436

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要素

#1: タンパク質 Protein ORF3, Capsid protein / pORF3 / pORF2


分子量: 59178.164 Da / 分子数: 1
断片: UNP residues 61-114 of Protein ORF3, UNP residues 112-608 of Capsid protein
由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein comprises N-terminal initiating methionine, Residues 58-111 of s tructural protein 1, and residues 112-608 of structural protein 2
由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
株: genotype 1 (isolate Human/Burma) / 遺伝子: ORF3, ORF2 / 細胞株 (発現宿主): BTL-Tn 5B1-4 (Tn5) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P69616, UniProt: P29326

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 6% PEG 8000, 20% glycerol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月6日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→70 Å / Num. all: 406649 / Num. obs: 278024 / % possible obs: 68.4 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rsym value: 0.136
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 278024 / Rsym value: 0.626 / % possible all: 24.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.81→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 11879682.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 13665 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 275008 68.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.108 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 140.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.98 Å20 Å20 Å2
2---23.02 Å20 Å2
3---28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.04 Å1.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.81→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3658 0 0 0 3658
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.552.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 1174 4.9 %
Rwork0.375 22557 -
obs--35.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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