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- PDB-2zy2: dodecameric L-aspartate beta-decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zy2
タイトルdodecameric L-aspartate beta-decarboxylase
要素L-aspartate 4-carboxylyase
キーワードLYASE / pyridoxal 5'-phosphate / aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate 4-decarboxylase / aspartate 4-decarboxylase activity / alanine biosynthetic process / aspartate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A - #110 / Aspartate 4-decarboxylase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Histone, subunit A / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Histone, subunit A - #110 / Aspartate 4-decarboxylase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Histone, subunit A / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Bifunctional aspartate aminotransferase and L-aspartate beta-decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, H.-J. / Ko, T.-P. / Lee, C.-Y. / Wang, N.-C. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure, Assembly, and Mechanism of a PLP-Dependent Dodecameric l-Aspartate beta-Decarboxylase
著者: Chen, H.-J. / Ko, T.-P. / Lee, C.-Y. / Wang, N.-C. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-aspartate 4-carboxylyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0862
ポリマ－60,8391
非ポリマー2471
水66737
1
A: L-aspartate 4-carboxylyase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)733,03724
ポリマ－730,07112
非ポリマー2,96612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation28_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation51_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation74_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area80340 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area206850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)298.900, 298.900, 298.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

21A-705-

HOH

31A-716-

HOH

41A-729-

HOH

51A-730-

HOH

61A-743-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-aspartate 4-carboxylyase


分子量: 60839.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: ATCC 19121 / 遺伝子: asdP / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q53IZ1, aspartate 4-decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 40% PEG 400, 0.1M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13B111
シンクロトロンNSRRC BL13B120.991, 1.010
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年11月2日Vertically Collimating Premirror, Toroidal Focusing Mirror
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年5月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111) MonochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9911
31.011
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 17736 / Num. obs: 17608 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1706 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.3→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Initial phasing by HgCl2 derivative data collected at two wavelengths 0.991 and 1.010 Angstroms to 4.75 Angstroms resolution
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 767 -RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.231 17736 --
obs0.231 16032 90.4 %-
溶媒の処理Bsol: 26.849 Å2
原子変位パラメータBiso max: 164.43 Å2 / Biso mean: 77.655 Å2 / Biso min: 21.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4095 0 15 37 4147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.87551
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014641
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.0164
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2984 57 -
Rwork0.282 --
obs-1403 81.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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