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- PDB-2zxk: Crystal structure of SeMet-Red chlorophyll catabolite reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zxk
タイトルCrystal structure of SeMet-Red chlorophyll catabolite reductase
要素Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH / Chlorophyll catabolism / Chloroplast / Coiled coil / NADP / Plastid / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


red chlorophyll catabolite reductase / red chlorophyll catabolite reductase activity / chlorophyll catabolic process / regulation of plant-type hypersensitive response / defense response to other organism / regulation of programmed cell death / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast ...red chlorophyll catabolite reductase / red chlorophyll catabolite reductase activity / chlorophyll catabolic process / regulation of plant-type hypersensitive response / defense response to other organism / regulation of programmed cell death / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Red chlorophyll catabolite reductase / Red chlorophyll catabolite reductase (RCC reductase) / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase - #20 / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sugishima, M. / Kitamori, Y. / Fukuyama, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of red chlorophyll catabolite reductase: enlargement of the ferredoxin-dependent bilin reductase family
著者: Sugishima, M. / Kitamori, Y. / Noguchi, M. / Kohchi, T. / Fukuyama, K.
履歴
登録2008年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
B: Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6584
ポリマ－65,6122
非ポリマー462
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.978, 83.539, 120.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Red chlorophyll catabolite reductase, chloroplastic / RCC reductase / AtRCCR / Accelerated cell death protein 2


分子量: 32806.172 Da / 分子数: 2 / 断片: truncated the chloroplast transit peptide / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RCCR / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8LDU4, EC: 1.3.1.80
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 22% PEG 4000, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97912, 0.97940, 0.96406, 0.99500
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月19日
放射モノクロメーター: Si(111) double monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979121
20.97941
30.964061
40.9951
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 19469 / Num. obs: 19469 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique all: 1768 / % possible all: 91.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→19.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 24.391 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.018 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29085 963 5.2 %RANDOM
Rwork0.21542 ---
all0.21929 17640 --
obs0.21929 17640 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.762 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 0 2 44 4111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.9795624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3815514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15524.194186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.89915720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8791529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2660.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.52610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.524225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55631568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9864.51399
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 47 -
Rwork0.241 1110 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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