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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zun | |||||||||
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タイトル | Functional Analysis of Hyperthermophilic Endocellulase from the Archaeon Pyrococcus horikoshii | |||||||||
要素 | 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / TIM BARREL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, H.-W. / Ishikawa, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Functional Analysis of Hyperthermophilic Endocellulase from the Archaeon Pyrococcus horikoshii 著者: Kim, H.-W. / Ishikawa, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zun.cif.gz | 251.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zun.ent.gz | 202.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/2zun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/2zun | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2zumS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51954.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: EGPh / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58925, cellulase #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THERE IS CONFLICT BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE. IN THIS ENTRY, ...THERE IS CONFLICT BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE. IN THIS ENTRY, 289TH RESIDUE IS OBVIOUSLY LYS BASED ON THE ELECTRON DENSITY. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.01 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5M ammonium phosphate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 97064 / Num. obs: 94740 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2ZUM 解像度: 2→48.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.385 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK / Bsol: 73.825 Å2 | |||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.75 Å2 / Biso mean: 37.085 Å2 / Biso min: 9.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→48.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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