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万見
- PDB-2zuf: Crystal structure of Pyrococcus horikoshii arginyl-tRNA synthetas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zuf
タイトルCrystal structure of Pyrococcus horikoshii arginyl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Arg)
要素
  • Arginyl-tRNA synthetase
  • tRNA-Arg
キーワードLigase/RNA / RRS/tRNA(Arg) / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Cytoplasm / Ligase / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / Ligase-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine-tRNA ligase / arginine-tRNA ligase activity / arginyl-tRNA aminoacylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginine-tRNA ligase / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginyl-tRNA synthetase, catalytic core domain / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain superfamily / tRNA synthetases class I (R) / Arginyl tRNA synthetase N terminal domain / DALR anticodon binding domain / Arginyl tRNA synthetase N terminal dom / DALR anticodon binding ...Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginine-tRNA ligase / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain / Arginyl-tRNA synthetase, catalytic core domain / Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain superfamily / tRNA synthetases class I (R) / Arginyl tRNA synthetase N terminal domain / DALR anticodon binding domain / Arginyl tRNA synthetase N terminal dom / DALR anticodon binding / DALR anticodon binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Gyrase A; domain 2 / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Arginine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Konno, M. / Sumida, T. / Uchikawa, E. / Mori, Y. / Yanagisawa, T. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Modeling of tRNA-assisted mechanism of Arg activation based on a structure of Arg-tRNA synthetase, tRNA, and an ATP analog (ANP)
著者: Konno, M. / Sumida, T. / Uchikawa, E. / Mori, Y. / Yanagisawa, T. / Sekine, S. / Yokoyama, S.
履歴
登録2008年10月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年6月21日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / ndb_struct_conf_na ...database_2 / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginyl-tRNA synthetase
B: tRNA-Arg


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,6062
ポリマ－97,6062
非ポリマー00
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.21, 60.14, 110.33
Angle α, β, γ (deg.)90, 107.06, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Arginyl-tRNA synthetase / Arginine--tRNA ligase / ArgRS


分子量: 72444.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: argS, PH1478 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O59147, arginine-tRNA ligase
#2: RNA鎖 tRNA-Arg


分子量: 25161.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This tRNA occurs from Pyrococcus horikoshii, in vitro transcription
由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: GenBank: 14589963
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 5mM magnesium chloride, 100mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2ammonium sulfate11
3magnesium chloride11
4Tris-HCl11
5H2O11
6PEG 400012
7ammonium sulfate12
8magnesium chloride12
9Tris-HCl12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月24日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 42799 / Num. obs: 38821 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2ZUE

2zue


解像度: 2.3→39.65 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 3892 -RANDOM
Rwork0.2014 ---
obs0.2032 38820 90.7 %-
all-42780 --
原子変位パラメータBiso mean: 32.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.314 Å20 Å2-2.109 Å2
2---4.107 Å20 Å2
3----1.207 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5097 1649 0 248 6994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.380.35313510.2747X-RAY DIFFRACTION335579.3
2.38-2.480.29963420.2412X-RAY DIFFRACTION347181.7
2.48-2.590.29723610.2342X-RAY DIFFRACTION356684
2.59-2.730.28393860.2272X-RAY DIFFRACTION367186.3
2.73-2.90.29744070.2234X-RAY DIFFRACTION386591.2
2.9-3.120.29023920.2151X-RAY DIFFRACTION398893.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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