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万見
- PDB-2zsi: Structural basis of gibberellin(GA4)-induced DELLA recognition by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zsi
タイトルStructural basis of gibberellin(GA4)-induced DELLA recognition by the gibberellin receptor
要素
  • DELLA protein GAI
  • Probable gibberellin receptor GID1L1
キーワードHormone Receptor / Plant Hormone Receptor / alpha/beta-hydrolase fold / carboxyesterase family / Gibberellin signaling pathway / Hydrolase / Nucleus / Receptor / Developmental protein / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


phloem transport / gibberellic acid homeostasis / fruit morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / raffinose family oligosaccharide biosynthetic process ...phloem transport / gibberellic acid homeostasis / fruit morphogenesis / negative regulation of trichome patterning / negative regulation of developmental vegetative growth / negative regulation of leaf development / regulation of seed dormancy process / gibberellin mediated signaling pathway / positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / raffinose family oligosaccharide biosynthetic process / floral organ morphogenesis / gibberellin binding / negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway / salicylic acid mediated signaling pathway / meiotic cytokinesis / positive regulation of fertilization / response to gibberellin / gibberellic acid mediated signaling pathway / regulation of seed germination / response to ethylene / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to far red light / hyperosmotic salinity response / 加水分解酵素 / response to abscisic acid / regulation of nitrogen utilization / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to hypoxia / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator DELLA, N-terminal domain / Transcriptional factor DELLA, N-terminal / DELLA, N-terminal domain superfamily / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. ...Transcriptional regulator DELLA, N-terminal domain / Transcriptional factor DELLA, N-terminal / DELLA, N-terminal domain superfamily / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcriptional regulator DELLA protein N terminal / Transcription factor GRAS / GRAS domain family / GRAS family profile. / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GIBBERELLIN A4 / DELLA protein GAI / Gibberellin receptor GID1A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Murase, K. / Hirano, Y. / Sun, T.P. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Gibberellin-induced DELLA recognition by the gibberellin receptor GID1
著者: Murase, K. / Hirano, Y. / Sun, T.-P. / Hakoshima, T.
履歴
登録2008年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable gibberellin receptor GID1L1
B: DELLA protein GAI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8883
ポリマ－51,5562
非ポリマー3321
水4,810267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.852, 81.852, 129.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-530-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable gibberellin receptor GID1L1 / GID1a / GID1-like protein 1


分子量: 39276.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q9MAA7
#2: タンパク質 DELLA protein GAI / Gibberellic acid-insensitive mutant protein / Restoration of growth on ammonia protein 2


分子量: 12279.544 Da / 分子数: 1 / Fragment: DELLA domain, UNP residues 11-113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GAI / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q9LQT8
#3: 化合物 ChemComp-GA4 / GIBBERELLIN A4 / ジベレリンA4


分子量: 332.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24O5 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.8M LiCl2, 26% PEG 4000, 1mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 41414 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZSH

2zsh


解像度: 1.8→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2205 4118 -RANDOM
Rwork0.1983 ---
all-41603 --
obs-40855 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3156 0 24 267 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 676 -
Rwork0.245 --
obs-6436 94.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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