PDB-2zru: Crystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zru

タイトル

Crystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with FMN

要素

Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / type 2 / IDI / FMN / isopentenyl diphosphate isomerase / Flavoprotein / Isoprene biosynthesis / NADP

機能・相同性

機能・相同性情報

isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus shibatae (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Unno, H. / Yamashita, S. / Ikeda, Y. / Sekiguchi, S. / Yoshida, N. / Yoshimura, T. / Kusunoki, M. / Nakayama, T. / Nishino, T. / Hemmi, H.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
著者: Unno, H. / Yamashita, S. / Ikeda, Y. / Sekiguchi, S.Y. / Yoshida, N. / Yoshimura, T. / Kusunoki, M. / Nakayama, T. / Nishino, T. / Hemmi, H.

履歴

登録	2008年9月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zru.cif.gz	293.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zru.ent.gz	238.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zru_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zru_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	2zru_validation.xml.gz	60.5 KB	表示
CIF形式データ	2zru_validation.cif.gz	84.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/2zru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/2zru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zrvC 2zrwC 2zrxC 2zryC 2zrzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b04-d 3b05-d 2zrw-d 2zrv-d 3b03-d 2zry-d 3vkj-d 3k2g-d 2zrx-d 2zrz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

C: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

D: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.745, 100.745, 336.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	THR	THR	4	A	A	9 - 68	9 - 68
2	1	1	VAL	VAL	THR	THR	4	B	B	9 - 68	9 - 68
3	1	1	VAL	VAL	THR	THR	4	C	C	9 - 68	9 - 68
4	1	1	VAL	VAL	THR	THR	4	D	D	9 - 68	9 - 68
5	2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	4	A	A	72 - 367	72 - 367
6	2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	4	B	B	72 - 367	72 - 367
7	2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	4	C	C	72 - 367	72 - 367
8	2	1	ASN	ASN	ARG	ARG	4	D	D	72 - 367	72 - 367
1	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	1	A	E	669
2	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	1	B	F	669
3	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	1	C	G	669
4	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	1	D	H	669

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase / type 2 isopentenyl diphosphate isomerase / IPP isomerase / Isopentenyl pyrophosphate isomerase 分子量: 40475.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: fni, idi / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P61615, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 30% PEG 400, 0.2M sodium citrate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.0000, 1.13980, 1.14022, 1.04000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月20日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.1398	1
3	1.14022	1
4	1.04	1

反射

解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 119401 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 24.6

反射シェル

解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→37.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 3.63 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22253	5826	5 %	RANDOM
R_work	0.1856	-	-	-
obs	0.18747	110468	97.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.544 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10996	0	124	728	11848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	11312
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.985	15260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.76	5	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.612	24.602	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.17	15	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.544	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	6062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	7909
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	874
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.854	1.5	7304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.324	2	11332
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.108	3	4586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.216	4.5	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	31	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	31	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	31	tight positional	0.03	0.05
2	4	D	31	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	2749	medium positional	0.23	0.5
1	2	B	2749	medium positional	0.21	0.5
1	3	C	2749	medium positional	0.28	0.5
1	4	D	2749	medium positional	0.23	0.5
2	1	A	31	tight thermal	0.19	0.5
2	2	B	31	tight thermal	0.19	0.5
2	3	C	31	tight thermal	0.15	0.5
2	4	D	31	tight thermal	0.14	0.5
1	1	A	2749	medium thermal	0.7	2
1	2	B	2749	medium thermal	0.79	2
1	3	C	2749	medium thermal	0.86	2
1	4	D	2749	medium thermal	0.7	2

LS精密化シェル

解像度: 1.996→2.048 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	380	-
R_work	0.221	7412	-
obs	-	-	90.14 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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