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万見
- PDB-2zpm: Crystal structure analysis of PDZ domain B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zpm
タイトルCrystal structure analysis of PDZ domain B
要素Regulator of sigma E protease
キーワードHYDROLASE / metalloproteinase / membrane protein / PDZ domain / Inner membrane / Membrane / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Transmembrane / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


anti-sigma factor antagonist activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / cellular response to cell envelope stress / metalloendopeptidase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain ...Peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of sigma-E protease RseP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Inaba, K. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure analysis of PDZ-domain B
著者: Inaba, K. / Suzuki, M. / Maegawa, K. / Akiyama, Y.
履歴
登録2008年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of sigma E protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8151
ポリマ－9,8151
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Regulator of sigma E protease

A: Regulator of sigma E protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6312
ポリマ－19,6312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.141, 26.867, 42.789
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

HOH

21A-51-

HOH

31A-138-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Regulator of sigma E protease


分子量: 9815.257 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ-domain B / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pGEX-5X-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEH1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.65 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.65 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→21.47 Å / Num. obs: 42333 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 7.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 0.98→1.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0035精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SCALAデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.98→20.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18043 2140 5.1 %RANDOM
Rwork0.14977 ---
obs0.15135 40180 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.227 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20.13 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→20.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数733 0 0 151 884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.022758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1422.0761051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9225112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.15925.92627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.34715111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.869154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4931.5472
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5642785
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8643286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5064.5252
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.7753758
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free12.0933151
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.0833733
LS精密化 シェル解像度: 0.981→1.006 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 171 -
Rwork0.212 2922 -
obs--98.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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