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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zpm | ||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of PDZ domain B | ||||||
![]() | Regulator of sigma E protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / metalloproteinase / membrane protein / PDZ domain / Inner membrane / Membrane / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Transmembrane / Zinc | ||||||
機能・相同性 | ![]() anti-sigma factor antagonist activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / cellular response to cell envelope stress / metalloendopeptidase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Inaba, K. / Suzuki, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure analysis of PDZ-domain B 著者: Inaba, K. / Suzuki, M. / Maegawa, K. / Akiyama, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9815.257 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ-domain B / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0AEH1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.65 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→21.47 Å / Num. obs: 42333 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 7.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.227 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→20.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.981→1.006 Å / Total num. of bins used: 20
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