PDB-2zp9: The Nature of the TRAP:Anti-TRAP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zp9

タイトル

The Nature of the TRAP:Anti-TRAP complex

要素

Transcription attenuation protein mtrB
Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / TRANSCRIPTION / RNA-binding / Transcription regulation / RNA BINDING PROTEIN-TRANSCRIPTION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus stearothermophilus (バクテリア)

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / PHASER / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Watanabe, M. / Heddle, J.G. / Unzai, S. / Akashi, S. / Park, S.Y. / Tame, J.R.H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The nature of the TRAP-Anti-TRAP complex.
著者: Watanabe, M. / Heddle, J.G. / Kikuchi, K. / Unzai, S. / Akashi, S. / Park, S.Y. / Tame, J.R.

履歴

登録	2008年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2zp8C 1qawS 2bx9S 2zcz C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	8587 6735 6733 8571 2wk5-d 8889 8550 6sgx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription attenuation protein mtrB

B: Transcription attenuation protein mtrB

C: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

D: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

E: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

F: Transcription attenuation protein mtrB

G: Transcription attenuation protein mtrB

H: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

I: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

J: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

K: Transcription attenuation protein mtrB

L: Transcription attenuation protein mtrB

M: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

N: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

O: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

ヘテロ分子

105 kDa, 15 ポリマー
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1

F: Transcription attenuation protein mtrB

G: Transcription attenuation protein mtrB

H: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

I: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

J: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

K: Transcription attenuation protein mtrB

L: Transcription attenuation protein mtrB

M: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

N: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

O: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

ヘテロ分子

F: Transcription attenuation protein mtrB

G: Transcription attenuation protein mtrB

H: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

I: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

J: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

K: Transcription attenuation protein mtrB

L: Transcription attenuation protein mtrB

M: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

N: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

O: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

ヘテロ分子

F: Transcription attenuation protein mtrB

G: Transcription attenuation protein mtrB

H: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

I: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

J: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

K: Transcription attenuation protein mtrB

L: Transcription attenuation protein mtrB

M: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

N: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

O: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
210 kDa, 30 ポリマー
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2

A: Transcription attenuation protein mtrB

B: Transcription attenuation protein mtrB

C: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

D: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

E: Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
210 kDa, 30 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	197.134, 197.135, 56.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	THR	THR	A	A	8 - 65	6 - 63
2	1	ASP	ASP	THR	THR	B	B	8 - 65	6 - 63
3	1	ASP	ASP	THR	THR	F	F	8 - 65	6 - 63
4	1	ASP	ASP	THR	THR	G	G	8 - 65	6 - 63
5	1	ASP	ASP	THR	THR	K	K	8 - 65	6 - 63
6	1	ASP	ASP	THR	THR	L	L	8 - 65	6 - 63
1	2	VAL	VAL	CYS	CYS	C	C	2 - 12	2 - 12
2	2	VAL	VAL	CYS	CYS	D	D	2 - 12	2 - 12
3	2	VAL	VAL	CYS	CYS	E	E	2 - 12	2 - 12
4	2	VAL	VAL	CYS	CYS	H	H	2 - 12	2 - 12
5	2	THR	THR	CYS	CYS	I	I	5 - 12	5 - 12
6	2	VAL	VAL	CYS	CYS	J	J	2 - 12	2 - 12
7	2	VAL	VAL	CYS	CYS	M	M	2 - 12	2 - 12
8	2	VAL	VAL	CYS	CYS	O	O	2 - 12	2 - 12
1	3	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	13 - 32	13 - 32
2	3	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	13 - 32	13 - 32
3	3	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	13 - 32	13 - 32
4	3	PRO	PRO	LYS	LYS	H	H	13 - 32	13 - 32
5	3	PRO	PRO	LYS	LYS	I	I	13 - 32	13 - 32
6	3	PRO	PRO	LYS	LYS	J	J	13 - 32	13 - 32
7	3	PRO	PRO	LYS	LYS	M	M	13 - 32	13 - 32
8	3	PRO	PRO	LYS	LYS	O	O	13 - 32	13 - 32
1	4	GLY	GLY	ASN	ASN	C	C	33 - 52	33 - 52
2	4	GLY	GLY	ASN	ASN	D	D	33 - 52	33 - 52
3	4	GLY	GLY	ASN	ASN	E	E	33 - 52	33 - 52
4	4	GLY	GLY	LEU	LEU	H	H	33 - 51	33 - 51
5	4	GLY	GLY	ASN	ASN	I	I	33 - 52	33 - 52
6	4	GLY	GLY	LEU	LEU	J	J	33 - 51	33 - 51
7	4	GLY	GLY	LEU	LEU	M	M	33 - 51	33 - 51
8	4	LEU	LEU	ASN	ASN	N	N	36 - 52	36 - 52
9	4	GLY	GLY	LEU	LEU	O	O	33 - 51	33 - 51

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

THIS PDB FILE SHOWS THE COMPLEX BETWEEN MUTANT BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS TRAP AND BACILLUS SUBTILIS ANTI-TRAP. THE TRAP CARRIES THREE SUBUNITS ON A SINGLE POLYPEPTIDE. THESE TRIMER CHAINS ASSOCIATE TO FORM A 12-MER RING IN SOLUTION INSTEAD OF THE USUAL 11-MER FORM. THE WILD-TYPE PROTEIN CAN ALSO FORM A 12-MER RING. MUTATIONAL ANALYSIS INDICATES THE TRAP:ANTI-TRAP INTERFACE TO BE THE SAME AS THAT MADE BY WILD-TYPE TRAP IN BOTH THE 11-MER AND 12-MER FORMS. THERE IS NO ELECTRON DENSITY INDICATING THE POSITION OF THE PEPTIDE LINKERS BETWEEN TRAP SUBUNITS IN THIS STRUCTURE. IT HAS PREVIOUSLY BEEN SHOWN THAT THESE LINKERS PASS THROUGH THE CENTRAL HOLE AND DO NOT INTERFERE WITH ANTI-TRAP BINDING. SEE PDB 2ZCZ. ONE COPY OF ANTI-TRAP (CHAIN N) IS VERY INCOMPLETE IN THIS MODEL. A BETTER MODEL FOR THE TRAP:ANTI-TRAP COMPLEX WAS OBTAINED WITH WILD-TYPE TRAP. SEE PDB 2ZP8. THE OVERALL GEOMETRY FOR THIS MODEL AND 2ZP8 IS THE SAME, WITH ANTI-TRAP TRIMERS BINDING AROUND THE TRAP RING. IN SOLUTION, THE TRAP 12-MER RING BINDS UP TO SIX ANTI-TRAP TRIMERS. THE CRYSTAL STRUCTURES REPRESENT THE SATURATED FORM WITH 12 TRAP SUBUNITS AND 18 ANTI-TRAP SUBUNITS.

#1: タンパク質	Transcription attenuation protein mtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Trp RNA-binding attenuation protein / TRAP 分子量: 8754.920 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: mtrB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X6J6
#2: タンパク質	Tryptophan RNA-binding attenuator protein-inhibitory protein / Anti-TRAP protein / AT 分子量: 5655.565 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: rtpA, yczA, BSU02530 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31466
#3: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
配列の詳細	THE SEQUENCE OF THE TRAP IS :MET TYR THR ASN SER ASP PHE VAL VAL ILE LYS ALA LEU GLU ASP GLY VAL ...THE SEQUENCE OF THE TRAP IS :MET TYR THR ASN SER ASP PHE VAL VAL ILE LYS ALA LEU GLU ASP GLY VAL ASN VAL ILE GLY LEU THR ARG GLY ALA ASP THR ARG PHE HIS HIS SER GLU LYS LEU ASP LYS GLY GLU VAL LEU ILE ALA GLN PHE THR GLU HIS THR SER ALA ILE LYS VAL ARG GLY LYS ALA TYR ILE GLN THR ARG HIS GLY VAL ILE GLU SER GLU GLY LYS LYS ALA ALA ALA ALA ALA ALA ALA MET TYR THR ASN SER ASP PHE VAL VAL ILE LYS ALA LEU GLU ASP GLY VAL ASN VAL ILE GLY LEU THR ARG GLY ALA ASP THR ARG PHE HIS HIS SER GLU LYS LEU ASP LYS GLY GLU VAL LEU ILE ALA GLN PHE THR GLU HIS THR SER ALA ILE LYS VAL ARG GLY LYS ALA TYR ILE GLN THR ARG HIS GLY VAL ILE GLU SER GLU GLY LYS LYS ALA ALA ALA ALA ALA ALA ALA MET TYR THR ASN SER ASP PHE VAL VAL ILE LYS ALA LEU GLU ASP GLY VAL ASN VAL ILE GLY LEU THR ARG GLY ALA ASP THR ARG PHE HIS HIS SER GLU LYS LEU ASP LYS GLY GLU VAL LEU ILE ALA GLN PHE THR GLU HIS THR SER ALA ILE LYS VAL ARG GLY LYS ALA TYR ILE GLN THR ARG HIS GLY VAL ILE GLU SER GLU GLY LYS LYS: BUT THE TRAP SUBUNITS IN THE MODEL ARE INDISTINGUISHABLE, AND HAVE THEREFORE BEEN INTERPRETED AS SEPARATE CHAINS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M succinate pH 7.0, 13-15% PEG 10000, 2% dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 19198 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 76.85 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.053
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 19198 / R_sym value: 0.235 / % possible all: 75.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: PHASER
開始モデル: 2BX9, 1QAW

2bx9

1qaw

解像度: 3.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.823 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.81 / SU B: 58.798 / SU ML: 0.56 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.608 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ELECTRON DENSITY FOR CERTAIN REGIONS INCLUDING THE ZINC BINDING SITES IS POOR. THE GEOMETRY AROUND THE METAL ATOMS IS NOT DEFINITIVE, IN COMMON WITH OTHER CRYSTAL STRUCTURES OF ANTI-TRAP. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3248	984	5.1 %	RANDOM
R_work	0.30349	-	-	-
obs	0.30461	18174	90.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.761 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.1 Å²	-2.05 Å²	0 Å²
2-	-	-4.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5633	0	95	0	5728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.954	7661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.234	5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.81	24.231	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.593	15	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.356	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.221	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.198	1.5	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.355	2	5752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.581	3	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.007	4.5	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	232	tight positional	0.03	0.05
1	1	B	232	tight positional	0.04	0.05
1	1	F	232	tight positional	0.02	0.05
1	1	G	232	tight positional	0.03	0.05
1	1	K	232	tight positional	0.03	0.05
1	1	L	232	tight positional	0.02	0.05
2	2	C	16	tight positional	0.04	0.05
2	2	D	16	tight positional	0.05	0.05
2	2	E	16	tight positional	0.03	0.05
2	2	H	16	tight positional	0.03	0.05
2	2	I	16	tight positional	0.05	0.05
2	2	J	16	tight positional	0.03	0.05
2	2	M	16	tight positional	0.04	0.05
2	2	O	16	tight positional	0.03	0.05
3	3	C	36	tight positional	0.02	0.05
3	3	D	36	tight positional	0.03	0.05
3	3	E	36	tight positional	0.02	0.05
3	3	H	36	tight positional	0.02	0.05
3	3	I	36	tight positional	0.03	0.05
3	3	J	36	tight positional	0.02	0.05
3	3	M	36	tight positional	0.03	0.05
3	3	O	36	tight positional	0.04	0.05
4	4	C	64	tight positional	0.03	0.05
4	4	D	64	tight positional	0.03	0.05
4	4	E	64	tight positional	0.03	0.05
4	4	H	64	tight positional	0.03	0.05
4	4	I	64	tight positional	0.03	0.05
4	4	J	64	tight positional	0.03	0.05
4	4	M	64	tight positional	0.02	0.05
4	4	N	64	tight positional	0.02	0.05
4	4	O	64	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	221	loose positional	0.48	5
1	1	B	221	loose positional	0.51	5
1	1	F	221	loose positional	0.6	5
1	1	G	221	loose positional	0.57	5
1	1	K	221	loose positional	0.6	5
1	1	L	221	loose positional	0.63	5
2	2	C	13	loose positional	0.65	5
2	2	D	13	loose positional	0.76	5
2	2	E	13	loose positional	0.61	5
2	2	H	13	loose positional	1.59	5
2	2	I	13	loose positional	1.08	5
2	2	J	13	loose positional	0.65	5
2	2	M	13	loose positional	0.68	5
2	2	O	13	loose positional	0.94	5
3	3	C	20	loose positional	0.61	5
3	3	D	20	loose positional	0.23	5
3	3	E	20	loose positional	0.4	5
3	3	H	20	loose positional	0.47	5
3	3	I	20	loose positional	0.42	5
3	3	J	20	loose positional	0.72	5
3	3	M	20	loose positional	0.45	5
3	3	O	20	loose positional	0.65	5
4	4	C	67	loose positional	0.72	5
4	4	D	67	loose positional	0.77	5
4	4	E	67	loose positional	0.84	5
4	4	H	67	loose positional	0.74	5
4	4	I	67	loose positional	0.71	5
4	4	J	67	loose positional	0.85	5
4	4	M	67	loose positional	0.74	5
4	4	N	67	loose positional	0.72	5
4	4	O	67	loose positional	0.77	5
1	1	A	232	tight thermal	0.06	0.5
1	1	B	232	tight thermal	0.06	0.5
1	1	F	232	tight thermal	0.03	0.5
1	1	G	232	tight thermal	0.04	0.5
1	1	K	232	tight thermal	0.04	0.5
1	1	L	232	tight thermal	0.04	0.5
2	2	C	16	tight thermal	0.04	0.5
2	2	D	16	tight thermal	0.07	0.5
2	2	E	16	tight thermal	0.06	0.5
2	2	H	16	tight thermal	0.04	0.5
2	2	I	16	tight thermal	0.02	0.5
2	2	J	16	tight thermal	0.02	0.5
2	2	M	16	tight thermal	0.03	0.5
2	2	O	16	tight thermal	0.04	0.5
3	3	C	36	tight thermal	0.03	0.5
3	3	D	36	tight thermal	0.02	0.5
3	3	E	36	tight thermal	0.07	0.5
3	3	H	36	tight thermal	0.02	0.5
3	3	I	36	tight thermal	0.02	0.5
3	3	J	36	tight thermal	0.02	0.5
3	3	M	36	tight thermal	0.02	0.5
3	3	O	36	tight thermal	0.03	0.5
4	4	C	64	tight thermal	0.04	0.5
4	4	D	64	tight thermal	0.04	0.5
4	4	E	64	tight thermal	0.06	0.5
4	4	H	64	tight thermal	0.03	0.5
4	4	I	64	tight thermal	0.03	0.5
4	4	J	64	tight thermal	0.03	0.5
4	4	M	64	tight thermal	0.02	0.5
4	4	N	64	tight thermal	0.03	0.5
4	4	O	64	tight thermal	0.04	0.5
1	1	A	221	loose thermal	1.47	10
1	1	B	221	loose thermal	1.28	10
1	1	F	221	loose thermal	1.02	10
1	1	G	221	loose thermal	0.82	10
1	1	K	221	loose thermal	0.77	10
1	1	L	221	loose thermal	0.86	10
2	2	C	13	loose thermal	0.96	10
2	2	D	13	loose thermal	0.47	10
2	2	E	13	loose thermal	0.35	10
2	2	H	13	loose thermal	0.53	10
2	2	I	13	loose thermal	0.4	10
2	2	J	13	loose thermal	0.31	10
2	2	M	13	loose thermal	0.3	10
2	2	O	13	loose thermal	0.22	10
3	3	C	20	loose thermal	0.23	10
3	3	D	20	loose thermal	0.37	10
3	3	E	20	loose thermal	0.39	10
3	3	H	20	loose thermal	0.2	10
3	3	I	20	loose thermal	0.14	10
3	3	J	20	loose thermal	0.19	10
3	3	M	20	loose thermal	0.19	10
3	3	O	20	loose thermal	0.13	10
4	4	C	67	loose thermal	0.97	10
4	4	D	67	loose thermal	0.57	10
4	4	E	67	loose thermal	0.76	10
4	4	H	67	loose thermal	0.46	10
4	4	I	67	loose thermal	0.35	10
4	4	J	67	loose thermal	0.6	10
4	4	M	67	loose thermal	0.59	10
4	4	N	67	loose thermal	0.73	10
4	4	O	67	loose thermal	0.87	10

LS精密化シェル

解像度: 3.201→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	59	-
R_work	0.315	1072	-
obs	-	984	75.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0624	-2.3052	-0.2188	1.7352	0.1647	0.0156	0.0335	0.2095	0.0966	0.0207	-0.1053	0.3876	-0.1066	-0.1363	0.0718	-0.0694	0.0734	0.0018	0.0503	0.0014	-0.095	-60.2	31.2689	4.9431
2	15.0277	-6.8423	-3.4537	16.4594	5.1539	8.9214	0.8372	2.3577	0.5754	-1.6176	-0.8008	-0.5883	0.7431	-0.6749	-0.0363	0.0006	-0.0035	0.0004	-0.0004	-0.0039	-0.0004	-44.3616	-7.1345	-7.9415
3	20.8884	-10.2351	-0.8181	19.843	2.5724	3.7213	0.3628	0.2559	0.0381	-1.5171	-0.5212	1.7168	-0.0177	-0.8341	0.1584	0.0004	0.0027	-0.0032	0.0007	-0.001	-0.0002	-58.4274	3.0355	-0.5888
4	6.1739	4.0608	1.0237	18.5011	0.5078	0.1715	0.5847	0.0364	0.662	-1.3358	0.3313	0.8978	-0.5042	0.0884	-0.916	-0.0007	-0.0013	0.0139	0.0034	0.0351	0.0053	-41.2127	10.8128	-0.124
5	26.4869	-5.0807	6.3314	28.4223	-8.4944	33.7442	-0.169	-2.0583	-0.3241	1.539	0.1028	0.0848	0.2573	-1.535	0.0662	0	0.0001	0.0001	-0.0005	-0.0008	0.0006	-82.0098	14.1908	19.2001
6	22.7484	-3.7117	-3.8449	69.9373	10.1418	6.5785	-0.0919	-0.4733	-0.5177	1.8764	0.4456	0.3042	0.2549	1.0297	-0.3536	-0.0006	-0.0009	0.0002	-0.0001	-0.0005	0.0004	-65.5969	8.1604	12.8346
7	16.9258	-5.4296	-2.4493	14.1767	0.6781	1.9143	0.1715	-0.2017	0.623	-0.1379	-0.343	0.42	-0.234	0.673	0.1716	0.0001	0.0002	-0.0002	0	-0.0001	0.0006	-70.1716	25.9282	12.3194
8	36.6193	16.4266	17.2917	52.3545	-6.2993	43.7173	0.7264	-2.2964	1.3887	0.0742	-0.8088	1.3965	1.9857	-0.1534	0.0824	-0.0006	0.0015	-0.0006	-0.0004	0.0006	0.0008	-53.767	50.0239	19.9954
9	72.1215	-4.1108	-18.4517	99.2434	63.0891	99.7429	2.9564	-2.2699	3.9667	2.1071	-1.6322	-4.5946	2.2418	2.1718	-1.3242	0.0017	0.0014	-0.0042	-0.0003	-0.0021	0.0038	-47.5899	64.7535	14.0604
10	15.0425	-9.1556	8.3295	34.3955	-5.7024	7.8633	0.8224	-0.0574	-0.0469	0.2251	-0.0044	-0.2397	0.4566	0.219	-0.818	0.001	-0.0005	0.0005	0.0003	-0.0013	0.0003	-57.7213	66.0611	12.4809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	10 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	1	F	10 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	1	G	10 - 65
5	X-RAY DIFFRACTION	1	K	10 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	1	L	10 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	2	C	1 - 9
8	X-RAY DIFFRACTION	2	C	36 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	2	C	10 - 35
10	X-RAY DIFFRACTION	2	C	54
11	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 9
12	X-RAY DIFFRACTION	3	D	36 - 52
13	X-RAY DIFFRACTION	3	D	10 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	3	D	54
15	X-RAY DIFFRACTION	4	E	1 - 9
16	X-RAY DIFFRACTION	4	E	36 - 52
17	X-RAY DIFFRACTION	4	E	10 - 35
18	X-RAY DIFFRACTION	4	E	54
19	X-RAY DIFFRACTION	5	H	1 - 9
20	X-RAY DIFFRACTION	5	H	36 - 51
21	X-RAY DIFFRACTION	5	H	10 - 35
22	X-RAY DIFFRACTION	6	I	5 - 9
23	X-RAY DIFFRACTION	6	I	36 - 52
24	X-RAY DIFFRACTION	6	I	10 - 35
25	X-RAY DIFFRACTION	6	I	54
26	X-RAY DIFFRACTION	7	J	1 - 9
27	X-RAY DIFFRACTION	7	J	36 - 51
28	X-RAY DIFFRACTION	7	J	10 - 35
29	X-RAY DIFFRACTION	7	J	54
30	X-RAY DIFFRACTION	8	M	1 - 9
31	X-RAY DIFFRACTION	8	M	36 - 51
32	X-RAY DIFFRACTION	8	M	10 - 35
33	X-RAY DIFFRACTION	9	N	36 - 52
34	X-RAY DIFFRACTION	10	O	1 - 9
35	X-RAY DIFFRACTION	10	O	36 - 51
36	X-RAY DIFFRACTION	10	O	10 - 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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