[日本語] English
万見
- PDB-2zjc: TNFR1 selectve TNF mutant; R1-6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zjc
タイトルTNFR1 selectve TNF mutant; R1-6
要素Tumor necrosis factor
キーワードCYTOKINE / phage display system / TNFR1 selectivity / TNF / agonist / mutant / Lipoprotein / Membrane / Myristate / Phosphoprotein / Secreted / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of neutrophil activation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / response to macrophage colony-stimulating factor / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / : / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / death receptor agonist activity / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of cytokine production involved in immune response / response to isolation stress / inflammatory response to wounding / cellular response to toxic substance / positive regulation of calcidiol 1-monooxygenase activity / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / sequestering of triglyceride / positive regulation of interleukin-18 production / positive regulation of action potential / TNF signaling / positive regulation of protein transport / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of mononuclear cell migration / leukocyte tethering or rolling / response to fructose / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / regulation of establishment of endothelial barrier / negative regulation of glucose import / endothelial cell apoptotic process / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of oxidative phosphorylation / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of osteoclast differentiation / regulation of metabolic process / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of programmed cell death / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of fat cell differentiation / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / cortical actin cytoskeleton organization / response to L-glutamate / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of interleukin-6 production / regulation of insulin secretion / phagocytic cup / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / skeletal muscle contraction / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mukai, Y. / Yamagata, Y. / Tsutsumi, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure-Function Relationship of Tumor Necrosis Factor (TNF) and Its Receptor Interaction Based on 3D Structural Analysis of a Fully Active TNFR1-Selective TNF Mutant
著者: Mukai, Y. / Shibata, H. / Nakamura, T. / Yoshioka, Y. / Abe, Y. / Nomura, T. / Taniai, M. / Ohta, T. / Ikemizu, S. / Nakagawa, S. / Tsunoda, S. / Kamada, H. / Yamagata, Y. / Tsutsumi, Y.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3354
ポリマ－51,2433
非ポリマー921
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.873, 135.873, 58.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a / Cachectin


分子量: 17081.131 Da / 分子数: 3 / 断片: R1-6, UNP residues 77-233
変異: K11M, K65S, L29K, R31A, R32G, K90P, K98R, K112N, K128P, E146S, S147T
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / プラスミド: pYas(modifed from pUC vector) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01375
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 13445 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1173 / % possible all: 85.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TNF

1tnf


解像度: 2.5→25.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Rfactor Rfree error: 0.008 / SU B: 30.501 / SU ML: 0.329 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Data cutoff high absF: 2548521.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27222 1373 10.2 %RANDOM
Rwork0.20146 ---
obs0.20881 12060 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK / Bsol: 106.48 Å2 / ksol: 0.1 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.696 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.17 Å20.59 Å20 Å2
2--1.17 Å20 Å2
3----1.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3338 0 6 59 3403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9644696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7885430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.48524.805154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.60515500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3081516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22260
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4251.52219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76623506
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93831374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4834.51190
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.498→2.563 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 67 9.5 %
Rwork0.318 798 -
obs--84.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2741-0.73180.49935.0031-0.27572.12150.10490.4883-0.7046-0.44880.021-0.14290.0590.0964-0.1259-0.0303-0.00720.0522-0.1278-0.07440.69650.50619.777-2.451
28.45630.34462.61442.56950.34062.5998-0.0378-0.6922-0.72460.29250.0528-0.18980.1934-0.0944-0.015-0.03910.06650.08670.05570.15080.6702-8.04122.05217.324
34.69710.05980.02822.8298-0.41222.2781-0.087-0.15540.36280.01940.0632-0.1324-0.1994-0.03710.0238-0.03770.0347-0.0158-0.0837-0.03480.6419-3.92439.8215.167
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 157
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3gol.paramgol.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る