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万見
- PDB-2zj7: Crystal structure of D157A mutant of Pseudomonas sp. MIS38 lipase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zj7
タイトルCrystal structure of D157A mutant of Pseudomonas sp. MIS38 lipase
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / Family i.3 lipase / Beta roll / Calcium binding protein / RTX protein / Calcium site mutants
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Angkawidjaja, C. / Kuwahara, K. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2008
タイトル: Importance of the Ca2+-binding sites in the N-catalytic domain of a family I.3 lipase for activity and stability
著者: Kuwahara, K. / Angkawidjaja, C. / Matsumura, H. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,05113
ポリマ－64,5201
非ポリマー53212
水7,837435
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.634, 84.627, 87.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipase / Extracellular lipase


分子量: 64519.848 Da / 分子数: 1 / 変異: D157A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Secretory overproduction by co-expression with plasmid pYBCD20
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: MIS38 / プラスミド: pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: Q9RBY1, triacylglycerol lipase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG20000, 0.1M MES, 0.2M calcium acetate, 5mM zinc acetate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 64807 / Num. obs: 33445 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.134

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z8X

2z8x


解像度: 2.21→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 6.164 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23446 1674 5 %RANDOM
Rwork0.16449 ---
obs0.16806 31717 94.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20.13 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4550 0 12 435 4997
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0214645
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0031.9386313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7065615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.51825.311209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.46315678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8911513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.22265
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23086
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1350.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2720.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.5730.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.391.53074
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04424765
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.27931791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4624.51548
LS精密化 シェル解像度: 2.207→2.263 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 96 -
Rwork0.269 1870 -
obs--76.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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