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万見
- PDB-2zfo: Structure of the partially unliganded met state of 400 kDa hemogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zfo
タイトルStructure of the partially unliganded met state of 400 kDa hemoglobin: Insights into ligand-induced structural changes of giant hemoglobins
要素(Extracellular giant hemoglobin major globin subunit ...) x 4
キーワードOXYGEN BINDING / TRANSPORT PROTEIN / hemoglobin / polychaete / annelida / unliganded / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B1 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of the partially unliganded met state of 400 kDa hemoglobin: insights into ligand-induced structural changes of giant hemoglobins
著者: Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K.
履歴
登録2008年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
B: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2
C: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2
D: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,51311
ポリマ－60,8314
非ポリマー2,6827
水9,422523
1
A: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
B: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2
C: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2
D: Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B1
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,07666
ポリマ－364,98424
非ポリマー16,09342
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area91850 Å2
ΔGint-731 kcal/mol
Surface area110740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.960, 110.960, 271.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1269-

HOH

21C-1277-

HOH

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要素

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Extracellular giant hemoglobin major globin subunit ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1 / Major globin chain b


分子量: 15188.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M419
#2: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2 / Major globin chain a5


分子量: 15327.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M413
#3: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2 / Major globin chain c


分子量: 15621.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M418
#4: タンパク質 Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B1 / Major globin chain d


分子量: 14693.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q5KSB7

-
非ポリマー , 4種, 530分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CHAIN D (SUBUNIT B1) IS THE MIXTURE OF TWO ISOFORMS (B1A AND B1B) CONTAINING 10 SUBSTITUTED ...THE CHAIN D (SUBUNIT B1) IS THE MIXTURE OF TWO ISOFORMS (B1A AND B1B) CONTAINING 10 SUBSTITUTED RESIDUES IN EACH 145 AMINO ACIDS. WE CONSTRUCTED THE MODEL BASICALLY BY USING THE SEQUENCE OF B1A AND INCLUDED THE MODELS OF THE 10 SUBSTITUTED RESIDUES OF THE B1B AS PSEUDO DOUBLE CONFORMATIONS, BECAUSE INCLUDING OF THE FULL LENGTH OF BOTH B1A AND B1B WITH A 50/50 DISTRIBUTION WILL RESULTS IN UNDESIRED INCREASES IN THE PARAMETERS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 7% PEG 10000, 0.2M Tris-HCl (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月29日 / 詳細: Rh-coated cylindrical bending mirror
放射モノクロメーター: Fixed exit Si 111 double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 47042 / Num. obs: 47042 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 4642 / Rsym value: 0.337 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D2M

2d2m


解像度: 1.95→39.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4031385.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2332 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs-46892 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.2087 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.57 Å20 Å20 Å2
2--4.57 Å20 Å2
3----9.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4339 0 186 523 5048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.842.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 230 5 %
Rwork0.22 4340 -
obs-2332 97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3hem_o2_final.paramhem_o2_final.top
X-RAY DIFFRACTION4gol_final.paramgol_final.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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