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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ze6 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of adenosine phosphate-isopentenyltransferase complexed with substrate analog, DMASPP | |||||||||
![]() | Isopentenyl transferase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Crown gall tumor / Cytokinin biosynthesis | |||||||||
機能・相同性 | ![]() adenylate dimethylallyltransferase (AMP-dependent) / AMP dimethylallyltransferase activity / cytokinin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sakakibara, H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the reaction mechanism and evolution of cytokinin biosynthesis. 著者: Sugawara, H. / Ueda, N. / Kojima, M. / Makita, N. / Yamaya, T. / Sakakibara, H. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28842.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tzs / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P58758, adenylate dimethylallyltransferase (AMP-dependent) |
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#2: 化合物 | ChemComp-DST / |
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 1.4-2.0M sodium formate, 5mM magnesium chloride, 0.1M sodium acetate buffer, 20mM dimethylallyl S-thiolodiphosphate, pH 4.8-5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→68.2 Å / Num. obs: 17222 / % possible obs: 98.29 % / Biso Wilson estimate: 24.01 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.277 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→68.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.099→2.153 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 67.0448 Å / Origin y: 57.5566 Å / Origin z: 18.0177 Å
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