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万見
- PDB-2zds: Crystal Structure of SCO6571 from Streptomyces coelicolor A3(2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zds
タイトルCrystal Structure of SCO6571 from Streptomyces coelicolor A3(2)
要素Putative DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TIM-barrel fold / DNA-binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Begum, P. / Gao, Y.G. / Sakai, N. / Yao, M. / Watanabe, N. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of SCO6571 from Streptomyces coelicolor A3(2).
著者: Begum, P. / Sakai, N. / Hayashi, T. / Gao, Y.G. / Tamura, T. / Watanabe, N. / Yao, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2007年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative DNA-binding protein
B: Putative DNA-binding protein
C: Putative DNA-binding protein
D: Putative DNA-binding protein
E: Putative DNA-binding protein
F: Putative DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,8066
ポリマ－233,8066
非ポリマー00
水22,1401229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23250 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area61050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.481, 171.593, 184.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative DNA-binding protein


分子量: 38967.598 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: sco6571 / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L-88 / 参照: UniProt: O69946
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 25% PEG 3350, 250mM sodium tartarate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.053 Å / Num. all: 120518 / Num. obs: 120397 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 24.737 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 11831 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 114274 -RANDOM
Rwork0.167 ---
obs0.167 114274 99.58 %-
all-114755 --
原子変位パラメータBiso mean: 13.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.188 Å0.229 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15528 0 0 1229 16757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 404 -
Rwork0.168 --
obs-8320 94.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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