登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zce |
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with pyrrolysine and an ATP analogue |
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要素 | Pyrrolysyl-tRNA synthetase |
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キーワード | LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / pyrrolysyl-tRNA synthetase / tRNA / pyrrolysine / Protein3000 / ATP-binding / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...Pyrrolysyl-tRNA ligase / Pyrrolysyl-tRNA ligase, N-terminal / Helix hairpin bin / Pyrrolysyl-tRNA ligase, C-terminal / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / PYRROLYSINE / Pyrrolysine--tRNA ligase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Methanosarcina mazei (古細菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å |
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データ登録者 | Yanagisawa, T. / Ishii, R. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) |
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Crystallographic Studies on Multiple Conformational States of Active-site Loops in Pyrrolysyl-tRNA Synthetase 著者: Yanagisawa, T. / Ishii, R. / Fukunaga, R. / Kobayashi, T. / Sakamoto, K. / Yokoyama, S. |
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履歴 | 登録 | 2007年11月8日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2008年4月22日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2014年1月22日 | Group: Non-polymer description |
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改定 1.3 | 2014年2月5日 | Group: Other |
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改定 1.4 | 2024年3月13日 | Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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