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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zbs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human estrogen-related receptor gamma ligand binding domain apo form | ||||||
要素 | Estrogen-related receptor gamma | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ERR gamma / nuclear receptor (核内受容体) / apo form / Activator / Alternative splicing (選択的スプライシング) / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Polymorphism / Transcription regulation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Matsushima, A. / Kakuta, Y. / Teramoto, T. / Shimohigashi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008 タイトル: ERRgamma tethers strongly bisphenol A and 4-alpha-cumylphenol in an induced-fit manner 著者: Matsushima, A. / Teramoto, T. / Okada, H. / Liu, X. / Tokunaga, T. / Kakuta, Y. / Shimohigashi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zbs.cif.gz | 66 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zbs.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zbs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/2zbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/2zbs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27611.137 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, residues 222-459 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62508 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % |
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結晶化 | 温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 26307 / Num. obs: 26307 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 52 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2300 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2E2R 解像度: 1.8→31.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.709 / SU ML: 0.086 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.942 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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