PDB-2zbn: Crystal structure of PH1033 from Pyrococcus horikoshii OT3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zbn

タイトル

Crystal structure of PH1033 from Pyrococcus horikoshii OT3

要素

UPF0310 protein PH1033

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pyrococcus horikoshii OT3 / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0310 / EVE domain / EVE domain / ph1033 like fold / ph1033 like domains / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta / UPF0310 protein PH1033

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
著者: Sugahara, M. / Asada, Y. / Morikawa, Y. / Kageyama, Y. / Kunishima, N.

履歴

登録	2007年10月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zbn.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zbn.ent.gz	31.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zbn_validation.pdf.gz	422.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zbn_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
XML形式データ	2zbn_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	2zbn_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/2zbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/2zbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wmmSC 2dpnC 2hd9C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ji8-d 6an4-d 2x4y-2 1wmm-d 5vpy-1 5vpi-2 3u3g-1 5a0g-6 2jt6-d 1gui-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UPF0310 protein PH1033

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.035, 95.035, 44.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-242- HOH

#1: タンパク質	UPF0310 protein PH1033 分子量: 17464.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O58764
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 5.7 詳細: 22.5% PEG 4K, 15% Glycerol, 0.1M citrate buffer, pH 5.7, oil microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40 Å / Num. obs: 15961 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 1567 / R_sym value: 0.555 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1wmm

1wmm

解像度: 2→39.17 Å / R_factor R_free error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1334434.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	798	5 %	RANDOM
R_work	0.244	-	-	-
all	0.244	15922	-	-
obs	0.244	15922	99.9 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 53.7132 Å² / k_sol: 0.33759 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.13 Å²	-4.23 Å²	0 Å²
2-	-	-13.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	26.26 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.32 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.41 Å	0.49 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1212	0	0	97	1309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	24
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.9

LS精密化シェル

解像度: 2→2.07 Å / R_factor R_free error: 0.043 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	80	5.1 %
R_work	0.452	1483	-
obs	-	1483	99.7 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)