PDB-2zah: X-ray structure of Melon necrotic spot virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zah

タイトル

X-ray structure of Melon necrotic spot virus

要素

Coat protein

キーワード

VIRUS / plant virus / coat protein / b-annulus / tombusvirus / carmovirus / fungal vector / MNSV / Capsid protein / ICOSAHEDRAL VIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Melon necrotic spot virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Wada, Y. / Tsukihara, T. / Omura, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: X-ray structure of Melon necrotic spot virus
著者: Wada, Y. / Tanaka, H. / Yamashita, E. / Kubo, C. / Ichiki-Uehara, T. / Nakazono-Nagaoka, E. / Omura, T. / Tsukihara, T.

履歴

登録	2007年10月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Refinement description
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zah.cif.gz	184.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zah.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zah.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zah_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zah_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	2zah_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	2zah_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/2zah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/za/2zah	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tbvS 1opo S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2tbv-1 6mrl-1 6snw-1 7ec5-1 3zx8-1 4fte-1 7ebz-1 6mrm-1 6lhq-1 2bbv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

ヘテロ分子

x 60

complete icosahedral assembly
6.45 MDa, 180 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
icosahedral asymmetric unit

3

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

ヘテロ分子

x 5

icosahedral pentamer
538 kDa, 15 ポリマー

4

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

ヘテロ分子

x 6

icosahedral 23 hexamer
645 kDa, 18 ポリマー

5

登録構造と同一
icosahedral asymmetric unit, std point frame

6

A: Coat protein

B: Coat protein

C: Coat protein

ヘテロ分子

x 5

crystal asymmetric unit, crystal frame
538 kDa, 15 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	375.004, 375.004, 375.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

対称性

点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	B
1	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Component-ID: 1 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 400 / Label seq-ID: 1 - 400

Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	A
2	B
3	C

NCS oper:

ID	Code	Matrix
1	given	(1), (1), (1)
2	generate	(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3	generate	(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4	generate	(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5	generate	(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

#1: タンパク質	Coat protein 分子量: 35783.160 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 60-390 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: plant virus / 由来: (天然) Melon necrotic spot virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q3LHM1, UniProt: P19899*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE DEPOSITORS CONFIRMED THAT THIS POSITION IS TYR FROM THE ELECTRON DENSITY.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG2000, phosphate buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→267 Å / Num. obs: 208594 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 16.4 % / R_merge(I) obs: 0.164
反射シェル	解像度: 2.79→2.94 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0022	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2TBV

2tbv

解像度: 2.81→187.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 9.889 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.475 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22373	10487	5 %	RANDOM
R_work	0.20839	-	-	-
obs	0.20916	198102	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.452 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.81→187.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7040	0	5	39	7084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	36005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.94	49175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.3	5	4610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.541	23.453	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.336	15	5455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.938	15	250
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	5760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	27460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	16692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	24903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.172	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.502	1.5	23240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.88	2	37255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.241	3	14312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.175	4.5	11920
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2261	tight positional	0.02	0.05
1	A	2261	tight thermal	0.05	0.5
2	B	2272	tight positional	0.02	0.05
2	B	2272	tight thermal	0.05	0.5
3	C	2518	tight positional	0.02	0.05
3	C	2518	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.813→2.886 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	696	-
R_work	0.278	13012	-
obs	-	-	89.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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