PDB-2z9h: Ethanolamine utilization protein, EutN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2z9h

タイトル

Ethanolamine utilization protein, EutN

要素

Ethanolamine utilization protein eutN

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine catabolic process / protein hexamerization / DNA damage response / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of ethanolamine utilization protein EutN from E. coli
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Kerfeld, C.A. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2007年9月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2z9h.cif.gz	112.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2z9h.ent.gz	86.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2z9h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2z9h_validation.pdf.gz	491.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2z9h_full_validation.pdf.gz	505 KB	表示
XML形式データ	2z9h_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	2z9h_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/2z9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/2z9h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hd3S 2qw7 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hd3-1 2hd3-2 3mpw-2 5v75-3 2vuo-d 5v75-2 3fch-4 4nat-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Ethanolamine utilization protein eutN

B: Ethanolamine utilization protein eutN

C: Ethanolamine utilization protein eutN

D: Ethanolamine utilization protein eutN

E: Ethanolamine utilization protein eutN

F: Ethanolamine utilization protein eutN

ヘテロ分子

66.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.281, 66.540, 72.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.250, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	D
3	1	A
4	1	D
5	1	A
6	1	D
1	2	B
2	2	E
1	3	C
2	3	F

NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	MET	MET	A	A	1 - 29	1 - 29
2	1	1	MET	MET	MET	MET	D	D	1 - 29	1 - 29
3	2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	A	A	39 - 85	39 - 85
4	2	1	GLN	GLN	VAL	VAL	D	D	39 - 85	39 - 85
5	3	1	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	92 - 95	92 - 95
6	3	1	ILE	ILE	LYS	LYS	D	D	92 - 95	92 - 95
1	1	2	MET	MET	LYS	LYS	B	B	1 - 95	1 - 95
2	1	2	MET	MET	LYS	LYS	E	E	1 - 95	1 - 95
1	1	3	MET	MET	LYS	LYS	C	C	1 - 95	1 - 95
2	1	3	MET	MET	LYS	LYS	F	F	1 - 95	1 - 95

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Ethanolamine utilization protein eutN 分子量: 11038.621 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: eutN, cchB / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P0AEJ8
#2: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M ammonium acetate, 50% MPD, pH5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→80 Å / Num. obs: 15586 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 1.092 / Net I/σ(I): 7.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.8	2.3	0.494	1477	0.988	1	93.5
2.8-2.91	2.3	0.437	1525	1.031	1	96.3
2.91-3.04	2.4	0.31	1566	0.964	1	97.1
3.04-3.2	2.4	0.241	1548	1.174	1	97.5
3.2-3.4	2.4	0.163	1551	1.236	1	97.1
3.4-3.66	2.4	0.113	1567	1.069	1	97.9
3.66-4.03	2.4	0.09	1572	1.116	1	97.8
4.03-4.62	2.4	0.078	1570	1.158	1	97.5
4.62-5.82	2.4	0.07	1597	1.138	1	98.7
5.82-80	2.3	0.059	1613	1.025	1	96.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	62.82 Å
Translation	4 Å	62.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
CrystalClear		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HD3

2hd3

解像度: 2.71→19.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 36.655 / SU ML: 0.358 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.491 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.302	704	5.1 %	RANDOM
R_work	0.243	-	-	-
obs	0.246	13732	85.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.709 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4029	0	33	21	4083

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	4112
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.95	1.957	5579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	6437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.347	5	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.86	26	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.528	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.406	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.128	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.136	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.615	2	3460
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.223	2	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.847	3	4346
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.783	2	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.098	3	1233

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	471	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	A	504	LOOSE POSITIONAL	0.56	5
1	A	471	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	A	504	LOOSE THERMAL	0.66	10
2	B	555	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	B	585	LOOSE POSITIONAL	0.6	5
2	B	555	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
2	B	585	LOOSE THERMAL	0.57	10
3	C	478	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	C	495	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
3	C	478	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
3	C	495	LOOSE THERMAL	0.75	10

LS精密化シェル

解像度: 2.712→2.781 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.583	15	-
R_work	0.354	329	-
all	-	344	-
obs	-	-	29.45 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -3.9432 Å / Origin y: 6.3173 Å / Origin z: 19.1309 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2001 Å²	0.009 Å²	0.0011 Å²	-	0.0999 Å²	-0.0051 Å²	-	-	0.1913 Å²
L	1.1528 °²	0.0885 °²	-0.2668 °²	-	0.0088 °²	0.0372 °²	-	-	1.6895 °²
S	-0.0354 Å °	-0.4181 Å °	-0.0168 Å °	0.024 Å °	0.002 Å °	0.0057 Å °	0.03 Å °	0.0083 Å °	0.0334 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 95	1 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 95	1 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	1 - 95	1 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	1 - 95	1 - 95
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	1 - 95	1 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	F	1 - 95	1 - 95

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