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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z8r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rhamnogalacturonan lyase YesW at 1.40 A resolution | ||||||
要素 | YesW protein | ||||||
キーワード | LYASE / BETA-PROPELLER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rhamnogalacturonan endolyase / rhamnogalacturonan endolyase activity / cell wall organization / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ochiai, A. / Itoh, T. / Maruyama, Y. / Kawamata, A. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: A Novel Structural Fold in Polysaccharide Lyases: BACILLUS SUBTILIS FAMILY 11 RHAMNOGALACTURONAN LYASE YesW WITH AN EIGHT-BLADED -PROPELLER 著者: Ochiai, A. / Itoh, T. / Maruyama, Y. / Kawamata, A. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z8r.cif.gz | 284.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z8r.ent.gz | 225.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z8r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z8r_validation.pdf.gz | 455.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2z8r_full_validation.pdf.gz | 468.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2z8r_validation.xml.gz | 55.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z8r_validation.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/2z8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/2z8r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64520.133 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 38-620 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yesW / プラスミド: PET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) 参照: UniProt: O31526, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 55% MPD, 0.1M TRIS, pH8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月8日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 233253 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→28.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 0.92 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.348 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→28.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.402→1.438 Å / Total num. of bins used: 20
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