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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z6i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of S. pneumoniae Enoyl-Acyl Carrier Protein Reductase (FabK) | ||||||
要素 | Trans-2-enoyl-ACP reductase II | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID SYNTHESIS / ANTIBIOTICS / FLAVOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitronate monooxygenase / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く / nitronate monooxygenase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Saito, J. / Yamada, M. / Watanabe, T. / Takeuchi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of enoyl-acyl carrier protein reductase (FabK) from Streptococcus pneumoniae reveals the binding mode of an inhibitor. 著者: Saito, J. / Yamada, M. / Watanabe, T. / Iida, M. / Kitagawa, H. / Takahata, S. / Ozawa, T. / Takeuchi, Y. / Ohsawa, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z6i.cif.gz | 135.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z6i.ent.gz | 111.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z6i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z6i_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2z6i_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2z6i_validation.xml.gz | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z6i_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/2z6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/2z6i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35758.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: fabK / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9FBC5, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 8-15% PEG 1000, 8-15% MPD, 0.1M MES pH 5.5-7.0, 0.1M ammonium chloride, 0.2M calcium chloride, 5mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32B2 / 波長: 0.90000, 0.97888, 0.97932 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月3日 詳細: A fixed exit Si double crystal monochromator followed byStandard double crystal monochromator and Rh-coated downward-deflection mirror with a typical glancing angle of 3.7mrad | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→29.14 Å / Num. obs: 68157 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.183 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.345 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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