[日本語] English
万見
- PDB-2z4j: Crystal structure of AR LBD with SHP peptide NR Box 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z4j
タイトルCrystal structure of AR LBD with SHP peptide NR Box 2
要素
  • Androgen receptor
  • Nuclear receptor 0B2
キーワードTRANSCRIPTION / Androgen receptor / ligand binding domain / SHP / Co-repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


male somatic sex determination / prostate induction / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / male genitalia morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / positive regulation of integrin biosynthetic process / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation ...male somatic sex determination / prostate induction / lateral sprouting involved in mammary gland duct morphogenesis / male genitalia morphogenesis / POU domain binding / negative regulation of integrin biosynthetic process / regulation of developmental growth / positive regulation of integrin biosynthetic process / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / animal organ formation / androgen binding / Leydig cell differentiation / regulation of systemic arterial blood pressure / epithelial cell morphogenesis / prostate gland growth / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / prostate gland epithelium morphogenesis / cellular response to testosterone stimulus / peroxisome proliferator activated receptor binding / membraneless organelle assembly / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / morphogenesis of an epithelial fold / cellular response to steroid hormone stimulus / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / bile acid and bile salt transport / seminiferous tubule development / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / androgen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / single fertilization / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / animal organ regeneration / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of phosphorylation / regulation of protein localization to plasma membrane / transcription regulator inhibitor activity / response to glucose / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular receptor signaling pathway / estrogen receptor signaling pathway / Notch signaling pathway / steroid binding / cholesterol metabolic process / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / molecular condensate scaffold activity / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / transcription coactivator binding / : / G protein-coupled receptor activity / beta-catenin binding / positive regulation of insulin secretion / multicellular organism growth / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / nuclear receptor activity / circadian rhythm / male gonad development / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transcription corepressor activity / MAPK cascade / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / molecular adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / response to ethanol / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of MAPK cascade / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Androgen receptor / Androgen receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / Androgen receptor / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jouravel, N. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Interaction between the androgen receptor and a segment of its corepressor SHP
著者: Jouravel, N. / Sablin, E. / Arnold, L.A. / Guy, R.K. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2007年6月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
B: Nuclear receptor 0B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3643
ポリマ－30,0732
非ポリマー2901
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.979, 66.542, 71.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 28917.945 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AR, NR3C4 / プラスミド: pETDuet-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P10275
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor 0B2 / SHP NR BOX 2 / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner


分子量: 1155.470 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 115-124 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide. This sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: Q15466
#3: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Bis-Tris Propane, 1.2M Potassium Sodium Tartrate tetrahydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11589 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月24日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→24.41 Å / Num. all: 8674 / Num. obs: 7836 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2
反射 シェル最高解像度: 2.6 Å / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T63

1t63


解像度: 2.6→24.41 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 170678.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 415 5.3 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 7836 90.5 %-
all-8674 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 19.7276 Å2 / ksol: 0.341867 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.58 Å20 Å20 Å2
2---11.67 Å20 Å2
3----1.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2110 0 21 6 2137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.792
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.712.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 69 6.2 %
Rwork0.326 1050 -
obs--78.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4DHT.paramDHT.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る