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- PDB-2z2y: Crystal structure of autoprocessed form of Tk-subtilisin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z2y
タイトルCrystal structure of autoprocessed form of Tk-subtilisin
要素(Tk-subtilisin) x 2
キーワードHYDROLASE / subtilisin / Thermococcus kodakaraensis / autoprocessed
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. ...: / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Tanaka, S. / Matsumura, H. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Four new crystal structures of Tk-subtilisin in unautoprocessed, autoprocessed and mature forms: insight into structural changes during maturation
著者: Tanaka, S. / Matsumura, H. / Koga, Y. / Takano, K. / Kanaya, S.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tk-subtilisin
B: Tk-subtilisin
C: Tk-subtilisin
D: Tk-subtilisin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,92324
ポリマ－79,9704
非ポリマー95420
水11,313628
1
A: Tk-subtilisin
B: Tk-subtilisin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,46212
ポリマ－39,9852
非ポリマー47710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Tk-subtilisin
D: Tk-subtilisin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,46212
ポリマ－39,9852
非ポリマー47710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.908, 65.365, 70.385
Angle α, β, γ (deg.)87.59, 67.44, 69.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tk-subtilisin


分子量: 32900.500 Da / 分子数: 2 / 変異: S324C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / プラスミド: pET25b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P58502, subtilisin
#2: タンパク質 Tk-subtilisin


分子量: 7084.432 Da / 分子数: 2 / Fragment: propeptide domain, UNP Residues 29-93 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: KOD1 / プラスミド: pET25b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P58502, subtilisin
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium Cacodylate, 0.2M Zinc Acetate, 2% (w/v) PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 65891 / % possible obs: 96.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 85.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E1P

2e1p


解像度: 1.89→46.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.719 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19778 3226 5.1 %RANDOM
Rwork0.16291 ---
obs0.16472 60274 96.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→46.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5630 0 20 628 6278
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225746
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9617864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1775762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.0325.446224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01315850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2721518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.23048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24007
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2490.2519
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2220.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4730.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8511.53871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37826116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28832118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.554.51748
LS精密化 シェル解像度: 1.892→1.942 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 195 -
Rwork0.214 3708 -
obs--79.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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