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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2z2s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Rhodobacter sphaeroides SigE in complex with the anti-sigma ChrR | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / ECF sigma factor / anti-sigma factor / cupin fold / DNA-binding / Transcription regulation / Activator / Metal-binding / Zinc binding transcription factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007 タイトル: A conserved structural module regulates transcriptional responses to diverse stress signals in bacteria. 著者: Campbell, E.A. / Greenwell, R. / Anthony, J.R. / Wang, S. / Lim, L. / Das, K. / Sofia, H.J. / Donohue, T.J. / Darst, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2z2s.cif.gz | 266 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2z2s.ent.gz | 222.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2z2s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2z2s_validation.pdf.gz | 519.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2z2s_full_validation.pdf.gz | 609.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2z2s_validation.xml.gz | 65.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2z2s_validation.cif.gz | 89.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/2z2s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21309.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: rpoE / プラスミド: pET28a derivitive / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IYV6 #2: タンパク質 | 分子量: 21804.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: chrR / プラスミド: pET28a derivitive / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40685 #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, 14-18% polyethylene glycol monomethylether 5000 (PEG5KMME), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97969 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97969 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 24975 / % possible obs: 75.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 2887 / Rsym value: 0.079 / % possible all: 60.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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