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万見
- PDB-2z2s: Crystal Structure of Rhodobacter sphaeroides SigE in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z2s
タイトルCrystal Structure of Rhodobacter sphaeroides SigE in complex with the anti-sigma ChrR
要素
  • Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
  • RpoE, ECF SigE
キーワードTRANSCRIPTION / ECF sigma factor / anti-sigma factor / cupin fold / DNA-binding / Transcription regulation / Activator / Metal-binding / Zinc binding transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anti-sigma factor ChrR, putative / Anti-sigma factor, zinc-finger domain / ChrR-like cupin domain / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / ChrR Cupin-like domain / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 ...Anti-sigma factor ChrR, putative / Anti-sigma factor, zinc-finger domain / ChrR-like cupin domain / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / ChrR Cupin-like domain / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Arc Repressor Mutant, subunit A / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-sigma-E factor ChrR / ECF RNA polymerase sigma factor RpoE
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Darst, S.A. / Campbell, E.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A conserved structural module regulates transcriptional responses to diverse stress signals in bacteria.
著者: Campbell, E.A. / Greenwell, R. / Anthony, J.R. / Wang, S. / Lim, L. / Das, K. / Sofia, H.J. / Donohue, T.J. / Darst, S.A.
履歴
登録2007年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RpoE, ECF SigE
B: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
C: RpoE, ECF SigE
D: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
E: RpoE, ECF SigE
F: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
G: RpoE, ECF SigE
H: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,90714
ポリマ－172,4548
非ポリマー4546
水6,864381
1
A: RpoE, ECF SigE
B: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1793
ポリマ－43,1132
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
手法PISA
2
C: RpoE, ECF SigE
D: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1793
ポリマ－43,1132
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
手法PISA
3
E: RpoE, ECF SigE
F: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2754
ポリマ－43,1132
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
手法PISA
4
G: RpoE, ECF SigE
H: Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2754
ポリマ－43,1132
非ポリマー1612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.135, 46.452, 141.701
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RpoE, ECF SigE


分子量: 21309.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: rpoE / プラスミド: pET28a derivitive / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3IYV6
#2: タンパク質
Anti-Sigma factor ChrR, transcriptional activator ChrR


分子量: 21804.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: chrR / プラスミド: pET28a derivitive / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40685
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, 14-18% polyethylene glycol monomethylether 5000 (PEG5KMME), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97969 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 24975 / % possible obs: 75.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 2887 / Rsym value: 0.079 / % possible all: 60.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2865 1629 -random
Rwork0.25 ---
all0.2865 32734 --
obs0.2865 24975 75.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9984 0 14 381 10379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONrmsd bonds0.024922
X-RAY DIFFRACTIONrmsd angles2.2085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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