ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1 | 精密化 | HKL-2000 | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2RN2 解像度: 2.1→34.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1260876.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: REFMAC 5.0 was also used for the refinement.
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.241 | 746 | 5.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.214 | - | - | - |
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obs | 0.214 | 14672 | 100 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.5856 Å2 / ksol: 0.335588 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.2 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.29 Å2 | 1.45 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 2.29 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -4.59 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.28 Å | 0.25 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.17 Å | 0.1 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.39 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1245 | 0 | 0 | 144 | 1389 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.66 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.18 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.94 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.91 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.96 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.254 | 121 | 5.1 % |
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Rwork | 0.207 | 2266 | - |
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obs | - | - | 100 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramion.top | | | | | |
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